Analysis and Bioinformatics for Marine Science



La plateforme ABiMS (Analysis and Bioinformatics for Marine Science) est partie intégrante de la Station Biologique de Roscoff et est rattachée au Service Informatique et Bioinformatique. L'équipe est composée de 4 permanents et de plusieurs bioinformaticiens sous contrat. Elle est également intégrée au Réseau National de bioinformatique (ReNaBi) et à l’axe bioinformatique de BioGenOuest.

Les thématiques abordées par la plateforme concernent l’étude et à l’analyse des données issues du monde marin (algues, poissons, cyanobactéries, picoplancton…), et sont en lien direct avec les 2 axes de recherche de la Station Biologique que sont la biologie et l'écologie. ABiMS interagit avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées et  a pour principales missions :

• La mise à disposition d’une infrastructure de calcul dédiée au calcul scientifique (cluster, ressources de stockage, données et outils)
• Le conseil et l'expertise dans l’analyse de données en adéquation avec les nouveaux défis en biologie  (NGS, génomique, transcriptomique, métagénomique, annotation…)
• La conception et le développement de systèmes d’informations pour le traitement et l'analyse des données (bases de données, interopérabilité…). Une attention particulière est apportée à l’usage de standards (GMOD, Web Services...) et d’outils interopérables.
• L'assistance et la formation à l’utilisation des outils de bioinformatique

Une démarche qualité ISO9001:2008  est en cours pour l’ensemble des activités de la plateforme.  

La plateforme est impliquée dans plusieurs projets ANR "Investissements d'avenir", avec les projets EMBRC-France et IDEALG

Accès à la plateforme : La plateforme est ouverte à la communauté, notamment marine. Pour toute demande d'ouverture de compte, envoyez un message à support.abims\AT\sb-roscoff.fr. Vous vous verrez attribué un compte avec un espace projet pour vos calculs.  

Demande de projet : projet.abims \AT\ sb-roscoff.fr

Demande de support : support.abims \AT\ sb-roscoff.fr