Analysis and Bioinformatics for Marine Science
La plateforme ABiMS (Analysis and Bioinformatics for Marine Science) est partie intégrante de la Station Biologique de Roscoff et est rattachée au Service Informatique et Bioinformatique. L'équipe est composée de 4 permanents et de plusieurs bioinformaticiens sous contrat. Elle est également intégrée au Réseau National de bioinformatique (ReNaBi) et à l’axe bioinformatique de BioGenOuest.
Les thématiques abordées par la plateforme concernent l’étude et à l’analyse des données issues du monde marin (algues, poissons, cyanobactéries, picoplancton…), et sont en lien direct avec les 2 axes de recherche de la Station Biologique que sont la biologie et l'écologie. ABiMS interagit avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées et a pour principales missions :
- La mise à disposition d’une infrastructure de calcul (Infrastructure As A Service - IAAS) dédiée au calcul scientifique (cluster, ressources de stockage, données et outils)
- Le conseil et l'expertise dans l’analyse de données en adéquation avec les nouveaux défis en biologie (NGS, génomique, transcriptomique, métagénomique, annotation…)
- L'ingénierie avec la conception et le développement de systèmes d’informations pour le traitement et l'analyse des données (bases de données, interopérabilité…)
- L'assistance et la formation à l’utilisation des outils de bioinformatique
Une démarche qualité ISO9001:2008 est actuellement menée sur l’ensemble des activités de la plateforme.
La plateforme est impliquée dans plusieurs projets ANR "Investissements d'avenir"
- linfrastucture EMBRC-France (KickOff les 14-16 mai) avec la coordination du WP e-infrastructure
- les projets IDEALG et Oceanomics
- l'Institut Français de Bioinformatique
Accès à la plateforme : La plateforme est ouverte à la communauté, notamment marine. Pour toute demande d'ouverture de compte, envoyez un message à support.abims\AT\sb-roscoff.fr. Vous vous verrez attribué un compte avec un espace projet pour vos calculs.
Ouverture d'un compte : consulter la rubrique 'Obtenir un compte' de l'onglet FAQ
Demande de projet : projet.abims \AT\ sb-roscoff.fr
Demande de support : support.abims \AT\ sb-roscoff.fr
