ABiMS News December 2018

Très joyeuses fêtes de fin d'année à tous .

Voici donc l'édition de décembre de la news letter ABiMS.

Infrastructure informatique

La jouvence de la solution de stockage de la plateforme et du service informatique a été réalisée au premier semestre 2018. Cette nouvelle infrastructure financée par le CPER EMBARC a permis l’acquisition d’une baie NAS DELL SC7020 proposant un espace scratch sur disque SSD de 50 To (contre 35 To pour l’ancien espace scratch sur disques HDD) et un espace capacitif de 1,2 Po.

Cette infrastructure évoluera en janvier  2019 pour atteindre 70 To d’espace scratch et 2 Po d’espace capacitif

La nouvelle solution de sécurité du site (Fortinet) a été commandé. Une bascule a été programmée en janvier 2019.

Ces deux dernières opérations ne devraient pas entraîner d'interruption de service.

The renewal of the IT storage solution was realized in the first half of 2018. This new infrastructure financed by the CPER EMBARC has enabled the acquisition of a DELL SC7020 NAS bay with a scratch space on SSD disk. 50 TB (35 TB for the old scratch space on HDD disks) and a capacitive space of 1.2 Po.

This infrastructure will evolve in January 2019 to reach 70 TB of scratch and 2 Po capacitive space

The new site security solution (Fortinet) has been ordered. A rocker has been programmed in January 2019.

These last two operations should not result in service interruption.

Ingénierie Logicielle / Software Engineering

L’essentiel des efforts de ce champ d’activité à porté sur la valorisation de jeux de données au travers de leur référencement dans des initiatives nationales ou internationales, en étroite collaboration avec le service observation et d’autres équipes impliquées dans des suivis à long terme.

En l’occurrence, dans le cadre du projet européen SeaDataCloud, les jeux de données “Phytoplankton - SOMLIT ASTAN”, stockées dans la base Pelagos ont été complétés par des métadonnées et mis en conformité avec les formats préconisés. Leur publication dans la fédération de centres de données de SeaDataCloud a ensuite été réalisée grâce au déploiement à la Station biologique des composants logiciels établissant cette dernière comme un noeud à part entière du dispositif.

Par ailleurs, l’engagement pris auprès d’EMODNet Biology, de procéder à la mise en accès de cinq jeux de données de biodiversité maintenus par la Station biologique (deux jeux de données issus de la base nationale PELAGOS du RESOMAR, deux autres jeux stockés dans la base locale Benthobs, et  le jeu de données de la base Inventaires), a conduit à franchir les différentes étapes préalables pour deux d’entre eux. En plus de l’enrichissement en méta-données ; et de l’extraction des jeux de données pour leur mise en conformité avec les standards reconnus par la communauté (Darwin Core Archive, EML), ces jeux de données se sont vus attribuer un DOI sous maîtrise de la Station, avant d’être publiés au travers d’un outil déployé localement (http://ipt.sb-roscoff.fr) Cette publication conduira ces jeux de données à être visibles au travers de projets internationaux comme OBIS et GBIF.

La plateforme ABiMS est également partenaire dans la mise en place du portail du SNO PHYTOBS, labellisé en septembre dernier. Le volet technique, prise en charge conjointement par la plateforme ABIMS et l’IFREMER, vise à proposer au travers d’un portail unique, un accès aux suivis phytoplanctoniques hébergés dans les bases de données PELAGOS et QUADRIGE.

Ainsi, l’activité d’ingénierie logicielle s’est fortement empreinte de la problématique de gestion de données depuis le début de cette année. D’autres projets, plus classiques ont également pu être menés à bien, comme la jouvence du site Web dédié aux CBM - Cahiers de Biologie marine, dont la nouvelle mouture a été mise en ligne en septembre dernier. (http://www.sb-roscoff.fr/cbm).

The main effort in this field has been put in increasing the visibility of a selection of datasets, in collaboration with the Service Observation and other research teams involved in long term monitoring projects. This increase has been achieved by referencing the datasets in national or international repositories or infrastructures.

As an example, the Phytoplankton - SOMLIT ASTAN dataset, managed in the locally hosted PELAGOS-RESOMAR database, has been enriched with metadata and made compliant with community adopted standards. In the framework of the SeaDataCloud H2020 project, it has then been published in the project’s datacenter federation of which the SBR has become a full fledged member.

Moreover, as an Associated Data Partner of the EMODNet Biology project, progress has been in the publication process of  5 local datasets (two of which related to the PELAGOS-RESOMAR database, two others stored in the local Benthobs database, and the contents of the Inventaires database). On the technical side, the ABiMS platform is now hosting the publication portal (http://ipt.sb-roscoff.fr) through which the data will be made available and subsequently harvested by the central EMODNet Biology node, making the data visible through international reference portals such as those from OBIS or GBIF.  Care has also been taken to automate the process of properly formatting the data according to the the Darwin Core Archive standards, and to enrich it with the required metadata. Two of these datasets are already close to completion and have been tagged with DOIs managed by the SBR.

The SBR is also a partner in the recently labelled PHYTOBS SNO (National Observation System). The ABiMS platform is involved in the development of the web portal for PHYTOBS, in partnership with IFREMER. The portal will offer an integrated access to phytoplankton monitoring data hosted either in the PELAGOS or in the QUADRIGE databases.

As can be seen, the software engineering activity has been significantly oriented towards data management topics. Other, more conventional projects have also been carried out, such as the update of the CBM - Cahiers de Biologie website (http://www.sb-roscoff.fr/cbm), which was completely redesigned and put on-line last september.

E-infrastructure - analyses bioinformatiques. bioinformatics analyses

Le génome d'Ectocarpus subulatus (Kützing) est disponible (genome browser, serveur blast, données brutes, réseau métabolique) dans l'environnement GMOD hébergé sur la plateforme ABiMS.

L'algue brune Ectocarpus subulatus (Kützing) est une petite algue brune filamenteuse caractérisée par sa grande tolérance au stress, notamment vis-à-vis des faibles salinités. Son génome a récemment été séquencé par un consortium dirigé par la Station Biologique de Roscoff (chefs de projet : Simon Dittami et Thierry Tonon), mettant en évidence des mécanismes uniques de tolérance au stress chez les algues brunes. La publication en "preprint" est disponible sur bioRxiv: https://doi.org/10.1101/307165. La plateforme ABiMS a contribué au projet en effectuant des analyses bioinformatiques, en fournissant des ressources de calcul et en mettant en place un éditeur web collaboratif d'annotations génomiques (Apollo) pour la curation manuelle du génome.

Disponibilité des données :

ABiMS met à disposition un genome browser (JBrowse) comprenant les annotations les plus récentes (http://mmo.sb-roscoff.fr/jbrowseEsu) et un site web contenant des informations, des données (assemblages de "scaffolds", protéines et annotations prédites), et des ressources dont un serveur blast (http://application.sb-roscoff.fr/blast/subulatus). Les données de séquences brutes (lectures génomiques et transcriptomiques) sont disponibles dans l'European Nucleotide Archive (ENA) sous le numéro d'accès PRJEB25230. Le réseau métabolique de E. subulatus est disponible sur http://gem-aureme.irisa.fr/sububftgem.

The genome of Ectocarpus subulatus (Kützing) is available (genome browser, blast server, raw data, metabolic network) in the GMOD environment on the ABiMS platform.

The brown algae Ectocarpus subulatus (Kützing) is a small filamentous brown alga characterized by its high stress-tolerance, in particular towards low salinities. Its genome has recently been sequenced by a consortium led by the Station Biologique de Roscoff (project leaders: Simon Dittami and Thierry Tonon), highlighting unique mechanisms for stress tolerance in brown algae. The preprint is available on bioRxiv: https://doi.org/10.1101/307165. The ABiMS platform contributed to the project by performing bioinformatics analyses, by providing computational resources and by implementing a web collaborative genomic annotation editor (Apollo) for the manual curation of the genome.

Data availability:

ABiMS now provides a genome browser (JBrowse) comprising the most recent annotations (http://mmo.sb-roscoff.fr/jbrowseEsu) and a website with additional information, data (assembled scaffolds, predicted proteins and annotations) and resources including a blast server (http://application.sb-roscoff.fr/blast/subulatus). Raw sequence data (genomic and transcriptomic reads) are available in the European Nucleotide Archive (ENA) under project accession number PRJEB25230. The reconstructed metabolic network of E. subulatus is available at http://gem-aureme.irisa.fr/sububftgem.

Démarche qualité : résultats de l’enquête de satisfaction 2018 - Quality management system

60 personnes ont répondu à l'enquête de satisfaction des activités de la plateforme, avec ~50% d'utilisateurs externes liés principalement aux usages «Galaxy».

Les prestations les plus sollicitées sont «E-infrastructure» (utilisation du cluster de calcul, Galaxy, JBrowse, Apollo, R, espace de stockage ou autre logiciel de la plateforme) et «Assistance et Expertise» (demande de support pour l'utilisation des ressources de la plateforme e.g. logiciels, données, etc. par l'envoi d'un e-mail à support.abims@sb-roscoff.fr). Respectivement 73% et 62% des personnes ayant répondu y ont recours.

Globalement les utilisateurs sont très satisfaits des prestations offertes dans le cadre des différentes activités (73% très satisfaits et 25% satisfaits).

Cette enquête a permis de remonter plusieurs points à améliorer concernant notamment la consolidation des outils proposés (mises à jour, etc.), la communication vers les utilisateurs et la mutualisation des compétences.

Les utilisateurs soulignent également la qualité des services proposés par la plateforme.

We collected 60 answers to the satisfaction survey about the platform services. ~50% of theses answers originate from external users mainly using our Galaxy web interface.

The most requested activities are "E-infrastructure" (computing cluster, Galaxy, JBrowse, Apollo, R, storage space or bio-informatics tools) and "Support and Expertise" (support request for the use of platform resources e.g. software, data, etc. by sending an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr), with respectively 73% and 62% answers.

Globally, the users are very satisfied by the platform services: 73% very satisfied and 25% satisfied.

This survey puts forward some improvement suggestions, such as strengthening of the resources (updates, etc.), communicating toward users and skills sharing.

The users also underline the quality of the services offered by ABiMS.

RGPD - GDPR

Avec l'entrée en vigueur du Règlement Général sur la Protection des Données (RGPD) depuis le 25 mai 2018, nous souhaitons vous informer en toute transparence  sur la collecte et le traitement de vos données personnelles réalisé par la plateforme ABiMS.
L’ouverture d’un compte, pour accéder au cluster, pour utiliser l’une des instances Galaxy ou l’une des bases de données hébergées par la plate-forme, nous amène à collecter les informations personnelles suivantes : nom, prénom, affiliation, adresse mél, et éventuellement numéro de téléphone.
Ces données, ainsi que les celles que vous êtes susceptible de déposer dans l’espace de stockage qui vous est attribué, ne sont en aucune manière rendues publiques ou communiquées à des tiers.

Les logs de connexion sur nos serveurs sont conservés pour des raison légales durant un an.
Vous êtes en droit de nous adresser à tout moment une demande de communication, modification ou suppression de vos données personnelles et scientifique, en utilisant l’adresse mél : support.abims@sb-roscoff.fr

With the beginning of the General Data Protection Regulation (GDPR) since May 25, 2018, we wish to inform you with complete transparency about the collection and processing of your personal data by the ABiMS platform.

Opening an account, to access the cluster, to use one of the Galaxy instances or one of the databases hosted by the platform, leads us to collect the following personal information: last name, first name, affiliation , email address, and possibly phone number.

These data, as well as those that you may deposit in the storage space allocated to you, are in no way made public or communicated to third parties.

Login logs on our servers are kept for legal reasons for one year.

You are entitled to send us at any time a request for communication, modification or deletion of your personal and scientific data, using the email address: support.abims@sb-roscoff.fr

Ressources Humaines - People

Arrivées 2018

• Julien Saint Vanne IE BioGenOuest, a été recruté en janvier 2018 pour une durée de 2 ans afin d’assurer l’intégration dans la plateforme Workflow4metabolomics d’outils d’analyse de données MS/MS. Julien effectuera  la seconde partie de son contrat à partir de janvier 2019 au laboratoire LABERCA de l’ONIRIS à Nantes en collaboration avec Yann Guitton.

• Delphine Negre, IE bioanalyse recrutée en le 1er novembre dans le cadre du projet IdeAlg pour une durée de 1 an. Elle aura en charge la reconstruction des voies métaboliques de plusieurs algues brunes  ainsi que l’intégration des données du projet Phaeoexplorer dans l'environnement GMOD.

• Guita Niang , IE Bioanalyse - development ELIXIR Excellerate a été recrutée en mars 2018 pour une durée de 18 mois afin d’assurer l’analyse ainsi que la constitution de la base de donnée de référence de transcriptomes de micro-eucaryotes marins.

• Emilie Vignot, Technicienne (Ressources propres FR2424) a été recrutée (pour une durée de 1 an) afin d’assurer au sein de l’équipe la maintenance du parc informatique.

Départ 2018

• Victor Mataigne en août 2018. Victor est désormais en premier année de thèse à l’OSUR de Rennes sous la direction de Philippe Vandenkoornuyse.

• Annie LeBreton en décembre 2018 . Annie a soutenue sa thèse portant sur les “caractéristiques génomiques du genre fongique Mucor et évolution adaptative liée à différents modes et conditions de vie au sein du genre” le jeudi  20 décembre 2018 à l’UBO. Elle débutera un PostDoc de 2 ans en mars 2019 au sein de l’équipe du professeur Francis Martin à la Beijing Forestry University.

• Philippe Bordron en décembre 2018. Philippe débutera en janvier 2019 un contrat d'ingénieur bioanalyste au sein du consortium Mibiogate à l’Université de Nantes.

• Xi Liu en décembre 2018. Xi sera impliquée durant le premier semestre 2019 dans un grand projet personnel et familial.  

Un très grand merci à eux pour le travail effectué durant des années au sein de l’équipe.

FSEP

La FR2424 a obtenue en décembre 2018 une FSEP INEE pour un poste d’IE d'administrateur système et réseau au sein du service informatique et bioinformatique. Les candidatures sont ouvertes jusqu’au 10 janvier 2019.

Arrivée 2019 programmées

• Dans le cadre du PIA IdeAlg. Ehsan Kayal sera en charge du traitement des données du projet Phaeoexplorer. Il s’impliquera plus particulièrement dans l’analyse des génomes plastidiaux (2 ans (après prolongation du projet)) .

• Dans le cadre du SAD “Roskobaz” visant au développement d’une base de données de marqueurs génétiques pour inférer les variations temporelles de communautés microbiennes marines en Manche, Gregory Farrant a été recruté par l’UMR 7144 en décembre 2018 pour une durée de 24 mois. Il sera hébergé sur la plateforme ABiMS à compter de janvier 2019.

Par ailleurs en 2019 la plateforme recrutera

• un ingénieur développeur dans le cadre de l’ANR CINAMON afin de poursuivre les développements de l'environnement de génomique comparative des cyanobacteries marine Cyanorak (1 an).

• un ingénieur / post doctorant bioanalyste dans le cadre du SAD “Phaeoan” afin de participer l’annotation des données du projet Phaeoexplorer (2 ans).

Arrivals 2018

• Julien Saint Vanne IE BioGenOuest was recruited in January 2018 for a period of 2 years to ensure the integration of MS / MS data analysis tools into the Workflow4metabolomics platform. Julien will carry out the second part of his contract from January 2019 at LABERCA laboratory in Nantes in collaboration with Yann Guitton.

• Delphine Negre, IE bioanalysis recruited in November 1 as part of the IdeAlg project for a period of 1 year. She will be in charge of the reconstruction of the metabolic pathways of several brown algae as well as the integration of Phaeoexplorer project data into the GMOD environment.

• Guita Niang, IE Bioanalysis - development ELIXIR Excellerate was recruited in March 2018 for a period of 18 months to ensure the analysis and constitution of the reference database of marine micro-eukaryotic transcriptomes.

• Emilie Vignot, Technician (FR2424 Resources) has been recruited (for a duration of 1 year) to ensure the maintenance of the computer park.

Departure 2018

• Victor Mataigne in August 2018. Victor is now in the first year of his thesis at the OSUR Rennes under the supervision of Philippe Vandenkoornuyse.

• Annie LeBreton in December 2018. Annie defended her thesis on the "genomic characteristics of the fungal genus Mucor and adaptive evolution related to different modes and living conditions within the genus" on Thursday 20 December 2018 at UBO. She will begin a 2-year PostDoc in March 2019 as part of Professor Francis Martin's team at Beijing Forestry University.

• Philippe Bordron in December 2018. In January 2019, Philippe will start a bioanalyst engineer contract at the Mibiogate consortium at the University of Nantes.

• Xi Liu in December 2018. Xi will be involved during the first half of 2019 in a big personal and family project.

A very big thank you to them for the work done for years in the team

FSEP

In December 2018, the FR2424 obtained an INEE FSEP for a system and network administrator IE position in the IT and bioinformatics department. Applications are open until January 10, 2019.

Arrival 2019 scheduled

• As part of the IdeAlg PIA. Ehsan Kayal will now be in charge of Phaeoexplorer project data processing. He will be involve more particularly in the analysis of plastid genomes (2 years (after extension of the project)).

• As part of the "Roskobaz" SAD aimed at developing a database of genetic markers to infer temporal variations of marine microbial communities in the Channel, Gregory Farrant was recruited by UMR 7144 in December 2018 for a duration of 24 months. It will be hosted on the ABiMS platform from January 2019.

In addition, in 2019 the platform will recruit

• a developer engineer within the framework of ANR CINNAMON to continue the development of the comparative genomic environment of cyanobacteria marine Cyanorak (1 year)

• a bioanalyst engineer / postdoctoral fellow within the framework of the SAD "Phaeoan" to participate in the annotation of Phaeoexplorer project data (2 years).

Publication 2018 

• Arnaud Belcour; Jean Girard; Méziane Aite; Ludovic Delage; Camille Trottier; Charlotte Marteau; Cédric Leroux; Simon Dittami; Pierre Sauleau; Erwan Corre; Jacques Nicolas; Catherine Boyen; Catherine Leblanc; Jonas Collén; Anne Siegel; Gabriel Markov. Inferring biochemical reactions and metabolite structures to cope with metabolic pathway drift. November 2018. bioRxiv. DOI: 10.1101/462556 submitted to iSciences.

• Laure Arsenieff , Nathalie Simon, Fabienne Rigaut-Jalabert , Florence Le Gall , Samuel Chaffron, Erwan Corre, Emmanuelle Com, Estelle Bigeard and Anne-Claire Baudoux. First Viruses Infecting the marine diatom Guinardia delicatula. 2018. Front. Microbiol. | DOI: 10.3389/fmicb.2018.03235.

• Jacquemot L., Bettarel Y., Monjol J. , Corre E., Halary S. , Desnues C., Ferrier-Pagès C., Bouvier T. , Baudoux A-C. Therapeutic potential of a new jumbo phage that infects the coral pathogen Vibrio coralliilyticus . Front. Microbiol. | doi: 10.3389/fmicb.2018.02501

• Baptiste Houyvet; Bruno Zanuttini; Erwan Corre; Gildas Le Corguillé; Joël Henry; Céline Zatylny-Gaudin. "Design of antimicrobial peptides from a cuttlefish database ». Amino Acids. 2018 Nov;50(11):1573-1582. doi: 10.1007/s00726-018-2633-4

• Annie Lebreton, Laurence Meslet-Cladière, Stéphanie Morin-Sardin, Emmanuel Coton, Jean-Luc Jany, Georges Barbier, Erwan Corre .Comparative analysis of five Mucor species transcriptomes. 2018. Genomics. https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2018.09.003

• Sarah Farhat, Isabelle Florent, Benjamin Noel, Ehsan Kayal, Corinne Da Silva, Estelle Bigeard, Adriana Alberti, Karine Labadie, Erwan Corre, Jean-Marc Aury, Stephane Rombauts, Patrick Wincker, Laure Guillou, Betina M. Porcel.  Comparative time-scale gene expression analysis highlights the infection processes of two Amoebophrya strains. Front. Microbiol., 02 October 2018 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02251

• Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Gueguen, Noe Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clemence Frioux, Angelique Gobet, Irene Gonzalez-Navarrete, Agnes Groisillier, Cecile Herve, Didier Jollivet, Hetty KleinJan, Catherine Leblanc, Agnieszka P. Lipinska, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V. Markov, Andre E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Simeon, Camille Trottier, Hwan So Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon (2018) The genome of Ectocarpus subulatus highlights unique mechanisms for stress tolerance in brown algae. bioRxiv, 307165. doi:10.1101/307165 submitted to the PLANT journal.

• Alexandre Leduc; Céline Zatylny-Gaudin; Marie Robert; Erwan Corre; Gildas Le Corguillé; Hélène Castel; Antoine Lefevre-Scelles; Vincent Fournier; Enric Gisbert; Karl Blyth Andree; Joel Henry. Dietary aquaculture by-product hydrolysates: impact on the transcriptomic response of the intestinal mucosa of European seabass (Dicentrarchus labrax) fed low fish meal diets. BMC Genomics (2018) 19:396 https://doi.org/10.1186/s12864-018-4780-0

• Arnaud Meng; Camille Marchet; Erwan Corre; Pierre Peterlongo; Adriana Alberti; Corinne Da Silva; Patrick Wincker; Eric Pelletier; Ian Probert; Johan Decelle; Stéphane Le Crom; Fabrice Not; Lucie Bittner. A de novo approach to disentangle/decouple partner identity and function in holobiont systems. December 2018. Microbiome 6(1). DOI: 10.1186/s40168-018-0481-9

• Héloïse Chassé,  Julie Aubert, Sandrine Boulben; Gildas Le Corguillé; Erwan Corre, Patrick Cormier, Julia Morales. 2018. "Translatome analysis at oocyte-to-embryo transition in sea urchin » Nucleic Acids Research, 2018 1 doi: 10.1093/nar/gky258

• Arnaud Meng, Erwan Corre, Ian Probert, Andres Gutierrez-Rodriguez, Raffaele Siano, Anita Annamale, Adriana Alberti, Corinne Da Silva, Patrick Wincker, Stephane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner. Analysis Of The Genomic Basis Of Functional Diversity In Dinoflagellates Using A Transcriptome-Based Sequence Similarity Network. bioRxiv preprint. doi: https://doi.org/10.1101/211243 . April 2018. Molecular Ecology 27(10). DOI: 10.1111/mec.14579.

• Buffet, J-P., Corre, E., Duvernois-Berthet, E., Fournier, J., Lopez, P.J., Adhesive gland transcriptomics uncovers a diversity of genes involved in glue formation in marine tube-building polychaetes, Acta Biomaterialia (2018), doi: https://doi.org/10.1016/j.actbio.2018.03.037

• Stéphane L’Haridon, Erwan Corre, Yue Guan, Manikandan Vinu, Violetta La Cono, Michail Yakimov, Ulrich Stingl, Laurent Toffin and Mohamed Jebbar. Complete Genome Sequence of the Halophilic Methylotrophic Methanogen. Archaeon Methanohalophilus portucalensis Strain FDF-1^T. Genome Announc. January 2018 6:e01482-17; doi:10.1128/genomeA.01482-17