ABiMS News December 2019

Submitted by admin on Tue, 2019-12-24 10:19

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Infrastructure informatique 

L’infrastructure de stockage de la plateforme et du service informatique a été agrandie  au premier semestre 2019. Ce renforcement a été financé par les projets ALFF + Momentum (C. Leblanc/S. Ditami), BioGenOuest , PIA OCEANOMICS (C. DeVargas), ANR CINNAMON (L. Garczarek),  ANR HAPAR (L. Guillou), ERC SEXSEA (S. Coehlo). L'infrastructure atteint désormais 70 To d’espace scratch SSD et 2 Po d’espace capacitif.

La nouvelle solution de sécurité du site (Fortinet) a été mise en place également au premier semestre. Les sites web externes ont été sécurisés par la mise en place de certificats de sécurité.

L’évolution de l’équipement de stockage nous contraint actuellement à abandonner la possibilité de sauvegarde des espaces “archive”, “final_results”, “scripts” dans les espaces projet. Une réflexion sur la mise en place d’une nouvelle solution de sauvegarde est en cours pour 2020. 

The storage infrastructure of the platform and IT department was expanded in the first half of 2019. This reinforcement was financed by the projects  ALFF + Momentum (C. Leblanc/S. Ditami), BioGenOuest, PIA OCEANOMICS (C. DeVargas), ANR CINNAMON (L. Garczarek), ANR HAPAR (L. Guillou), ERC SEXSEA (S. Coehlo). The infrastructure now reaches 70 TB of SSD scratch space and 2 PB of capacitive space .

The new site security solution (Fortinet) was also implemented in the first half of the year. External websites have been secured by the implementation of certificates.

The evolution of the storage equipment currently forces us to abandon the possibility of saving "archive", "final_results", "scripts" folders in the project directories. A reflection on the implementation of a new back-up solution is in progress for 2020. 

 

Ingénierie Logicielle / Software Engineering

Au cours des mois qui viennent de s’écouler, l’investissement des la plate-forme dans le domaine de l’ingénierie logicielle a principalement porté sur trois projets.

Premièrement, et en lien avec l’activité de bioanalyse, et dans le cadre d’ELIXIR Excelerate, une première version du portail d’accès aux données du projet MetDB a été déployée (lire plus bas). Ce portail permet l’exploration des données collectées par le projet, éventuellement à l’aide de fonctionnalités de recherche, ainsi que le téléchargement de sous-ensembles de séquences et d’annotations correspondant aux critères de recherche. Sur le plan technique, elle s’appuie une base de données relationnelle complétée par un moteur d’indexation et de recherche documentaire (ElasticSearch).

Ensuite, dans le contexte du projet RoskoBaz, une première version de la base de données intégrative est en voie de finalisation. Cette base regroupe, dans un modèle unifié, les données sur des marqueurs génétiques en provenance de quatre bases primaires (Micrhode, PhytoRef, CyanoDB et PR²). Elle contient les séquences elles-mêmes, complétées par des données contextuelles (description des conditions de collecte des échantillons), et décrites dans un référentiel taxonomique homogène s’appuyant sur le projet EukRef.

Enfin, grâce au soutien de l’infrastructure ILICO, le développement du portail d’accès aux données du SNO Phytobs à débouché sur la mise en place d’une version initiale. Ce portail fournit un accès aux séries à long-terme d’observation du phytoplankton en intégrant les données de ces suivis à partir de deux bases primaires (la base PELAGOS du RESOMAR, et la base QUADRIGE² de l’IFREMER). La SBR a mené à bien le développement et le déploiement de la base de données intégrative, et des couches applicatives qui permettent son exploitation au travers de clients Web ergonomiques. Ces derniers, basés sur les composants de Sextant, sont à la charge du partenaire IFREMER.

During the recent months, three projects have been the main focus of the efforts of the software engineering team of the ABiMS platform.

First and foremost, related to the bioanalysis activities, and in the framework of ELIXIR Excelerate, a first version of the MetDB project’s data access portal has been released (see below) . This portal allows to explore the data gathered by the project, using basic or advanced search tools if needed. It also supplies ready-to-download files with subsets of the data matching the search criteria. On a technical level, the portal relies on a relational database supplemented with plain text indexing and search engine (ElasticSearch).

Seconly, in the framework of the RoskoBaz project, a first version of the integrative database is about to be finalised. This database collects, in a unified model, data about genetic markers imported from four primary databases (Micrhode, PhytoRef, CyanoDB and PR²). It contains the sequences themselves, with additional contextual data (about the sampling conditions amongs others), and described in a consistent taxonomic framework relying on the EukRef project.

Finally, thanks to the support of the ILICO research infrastructure, the development of the data portal for the PHYTOBS SNO has reached its first release. The portal gives access to long-time phytoplankton observation datasets through the integration of data coming from two primary data sources (the PELAGOS database of RESOMAR, and the QUADRIGE² database operated by IFREMER). The SBR is in charge of the development and deployment of the integrative database as well as the software components allowing it to be coupled to a user-friendly web interface. The latter being developed by the IFREMER partner, based on the Sextant libraries.

 

Analyses Bioinformatiques - Ingénierie Logicielle

Présentation du projet MEtDB développé dans le context du projet Européen ELIXIR Excelerate.

Presentation of the MEtDB project developed in the context of the European ELIXIR Excelerate project.                

The marine environment is extremely diverse and by far the largest habitat on Earth. The marine organisms are believed to be responsible for up to 98% of marine primary productivity, playing key roles in marine food webs and in carbon and energy cycles [1]. Unlike marine prokaryotes, very little genomic data from marine protists are available so far. In the context of the European project ELIXIR (https://www.elixir- europe.org/), we tends to develop (1) portable and reproducible workflows for transcriptomic assembly and annotation, (2) a transcriptomic reference database of micro-eucaryotic marine species namely METdb (http://metdb.sb-roscoff.fr/metdb/).                

While part of the initial datasets originated from Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP) [2], others come from Roscoff marine station and Tara Oceans research projects. All datasets were assembled and analyzed using the same two compartments workflow dedicated to de novo assembly and functional annotation, both developed with the Common Workflow Language (CWL) management system to ensure the data standardization and reproducibility. The assembly compartment includes evaluation, filtering and trimming of raw data [3] and the de novo assembly and evaluation of assembled transcripts. The annotation compartment defines the presence of coding regions and functional annotation is performed.        

678 assemblies, generated by Lisa K. Johnson et al. [4] were recovered which corresponds to 411 marine protists (taxa). For some of these taxa, several cultivation conditions were independently sequenced, and were here co-assembled (386 datasets combined into 119 combined assemblies). These were gathered to the 292 single assemblies left and to the assemblies from 78 additional taxa from the Roscoff/Tara Ocean projects. The resource includes transcriptome assemblies and associated data (metrics and annotation) of 481 distinct marine micro-eukaryotic taxa spanning a large diversity of marine protists.                    

The METdb portal offers the possibility to user to explore the database by using a “simple or advanced” search function for a specific taxonomic level, a specific geographic location or a project origin and soon specific annotation. Statistical interactive charts, readsets location map and table and resulting datasets list are associated to the search functions. For each selected dataset, the user can access to both readset and assembly short summaries page with cross-references to external databases (EBI SRA, NCBI taxID, WORMS) which allows better traceability and homogeneity across databases and the possibility of downloading all resulting files.

Participants : Guita NIANG (ABiMS), Mark HOEBEKE (ABiMS), Arnaud MENG (CEA), Xi LIU (ABiMS), Maxim SCHEREMETJEW (EBI-EMBL), Rob FINN (EBI-EMBL), Eric PELLETIER (CEA), Erwan CORRE (ABiMS)

                    

References            

[1] Kennedy J et al. Marine metagenomics: new tools for the study and exploitation of marine microbial metabolism. Marine Drugs, 2010.                    

[2] Keeling et al. The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): illuminating the functional diversity of eukaryotic life in the oceans through transcriptome sequencing. PLoS biology,12.6, 2014.                

[3] https://github.com/mscheremetjew/workflow-is-cwl/tree/assembly/                

[4] Lisa K Johnson et al. Re-assembly, quality evaluation, and annotation of 678 microbial eukaryotic reference transcriptomes. GigaScience, 2018. 
 

E-infrastructure.

Cluster

Conda

Depuis deux ans, la plateforme utilise l’environnement Conda de manière régulière pour l’installation des outils sur le cluster. Conda est un système de package qui permet d’installer facilement les outils et leurs parfois nombreuses dépendances même sur d'anciennes versions de CentOS. Les packages sont installés de manière isolés pour permettre à plusieurs versions d’un même logiciel de cohabiter. Pour plus d’information : https://abims.sb-roscoff.fr/resources/tools/howto#conda 

En 2019, nous avons quasi-exclusivement utilisé Conda pour nos installations. Pour ce faire, si un package n’est pas disponible sous Conda, soit nous le packageons en participant au projet BioConda, soit nous recourons aux containers Singularity. En effet, pour certains outils complexes où ayant des licences trop restrictives Conda n’est pas adapté. 

Singularity

A l’instar de Docker, Singularity est une technologie de container, mais contrairement à Docker, Singularity est compatible avec l’usage d’un cluster de calcul de type HPC. Une image Singularity peut-être créée de toute pièce (via un fichier .def) ou provenir d’une conversion d’une image Docker.

Genome browsers et ressources génomiques

En raison de la croissance exponentielle de la génération des données génomiques et transcriptomiques (séquences, prédictions génétiques, alignements, annotations, données RNAseq, microarray...), la communauté scientifique a besoin d'outils efficaces pour présenter, analyser et évaluer ces données. Dans ce contexte, la plateforme ABiMS développe un environnement intégré pour assister les collaborateurs dans l'analyse et l'annotation des données génomiques et transcriptomiques, qui repose sur l’exploitation de la suite GMOD (Generic Model Organism Database). La plateforme héberge aujourd'hui une vingtaine de génomes publics et privés (algues marines, bactéries marines, protistes marins et champignons) pour visualisation avec JBrowse et annotation avec Apollo : http://abims.sb-roscoff.fr/resources/genomic_resources. Le déploiement manuel des applications n'est cependant pas raisonnable dans le contexte actuel de croissance exponentielle du nombre de ressources génomiques à intégrer (sujet aux erreurs, long, coût de maintenance en condition opérationnelle). Dans le cadre des projets IDEALG, PhaeoExplorer et ERC SexSea, pour lesquels plus de 50 génomes d'algues brunes ont été séquencés, nous avons déployé un nouvel environnement intégré dédié à la gestion des données génomiques basé sur le projet Galaxy Genome Annotation, en partenariat avec les plateformes bioinformatiques BIPAA et GenOuest. Le projet Galaxy Genome Annotation est une initiative sous licence open-source des communautés Galaxy et GMOD. Cette e-infrastructure utilise des technologies de virtualisation légères avec des conteneurs Docker et s'appuie sur la suite GMOD et le portail Web Galaxy. Elle offre la possibilité de mettre les génomes et leurs annotations à la disposition de la communauté via des interfaces conviviales de manière automatisée. Les ressources génomiques de quatre espèces d'Ectocarpus ont été déployées jusqu'à présent en utilisant l'environnement Galaxy Genome Annotation. Les trente à cinquante génomes d'algues brunes à venir seront également déployés à l'aide de cette e-infrastructure.

Shiny Transcriptomic Aggregator

Grâce à l’expérience acquise au sein du projet Workflow4Metabolomics, Romain Dallet (financement IFB) a, pour l’équipe Génétique des Algues, développé l’interface Shiny Transcriptomic Aggregator. Cette interface permet de regrouper au sein d’une même interface différentes expérience RNASeq ou MicroArray d’une même espèce. Différents systèmes de filtre permettent d’adapter le tableau affiché. L’application permet ainsi de générer différents graphiques : Heatmap, Dotplot, Boxplot. Il est possible de mettre en ligne une version public et une version privée (par exemple avec plus de données) de l’interface.

Pour alimenter l’application, 3 tableaux sont nécessaires : Samples Data File, Gene Data File et un tableau de TPM.

 

Cluster

Conda

For the past two years, the platform has been using the Conda environment on a regular basis for the installation of tools on the cluster. Conda is a package system that makes it easy to install the tools and their sometimes numerous dependencies even on older versions of CentOS. The packages are installed in an isolated way to allow several versions of the same software to coexist. For more information: https://abims.sb-roscoff.fr/resources/tools/howto#conda 

In 2019, we used Conda almost exclusively for our facilities. If a package is not available under Conda, we either package it by participating in the BioConda project or use Singularity containers. Indeed, for some complex tools or having too restrictive licenses Conda is not suitable. 

Singularity

Like Docker, Singularity is a container technology, but unlike Docker, Singularity is compatible with the use of an HPC computing cluster. A Singularity image can be created from scratch (.def file) or converted from a Docker image.

Genome browsers and genomic resources

To scientifically exploit the explosion of genome and transcriptome data resources (sequences, gene predictions, alignments, annotations, RNAseq data, microarray…), the community needs effective tools to present, analyze and value these data. Using the GMOD (Generic Model Organism Database) suite, the platform ABiMS aims to develop a coherent and integrated environment to assist collaborators in the analysis and annotation of genomic and transcriptomic data. ABiMS hosts today about twenty public and private genomes (marine algae, marine bacteria, marine protists and fungi) for visualization with JBrowse and annotation with Apollo: http://abims.sb-roscoff.fr/resources/genomic_resources. However, manual deployment of all applications is not reasonable as the number of genomes resources to integrate is growing (error-prone, time-consuming, cost of maintenance in operational condition). In the context of the IDEALG, the PhaeoExplorer, and the ERC SexSea projects, where more than 50 genomes of brown algae have been sequenced, we have deployed a new integrated environment dedicated to the management of genomic data based on the Galaxy Genome Annotation project, in partnership with the BIPAA and GenOuest bioinformatics platforms. The Galaxy Genome Annotation project is an open-source licensed initiative from the Galaxy and the GMOD communities. This e-infrastructure uses lightweight virtualization technologies with Docker containers and is based on the GMOD suite and the Galaxy web portal It offers the possibility of making genomes and their annotations available to the community through user-friendly interfaces in an automated way. Genome resources of four Ectocarpus species have been implemented so far using the Galaxy Genome Annotation environment. The up-coming thirty to fifty brown algae genomes will also be deployed using this e-infrastructure in the future.

Shiny Transcriptomic Aggregator

Thanks to the experience acquired within the Workflow4Metabolomics project, Romain Dallet (IFB funding) has developed the Shiny Transcriptomic Aggregator interface for the Algae Genetics team. This interface allows to gather within the same interface different RNASeq or MicroArray experiments of the same species. Different filter systems can be used to adapt the displayed array. The application can thus generate different graphs: Heatmap, Dotplot, Boxplot. A public and a private (for example with more data) version of the interface can be put online.

To feed the application, 3 tables are necessary: Samples Data File, Gene Data File and a TPM table.

 

Démarche qualité : résultats de l’enquête de satisfaction 2019

Quarante-six personnes ont répondu à l'enquête de satisfaction des activités de la plateforme (plus de 2 000 utilisateurs référencés). Environ 50 % de ces réponses proviennent d'utilisateurs externes.

La prestation la plus sollicitée est «E-infrastructure» (utilisation du cluster de calcul, Galaxy, JBrowse, Apollo, R, espaces de stockage ou autre logiciel de la plateforme) : 63 % des personnes ayant répondu y ont eu recours.

Globalement les utilisateurs sont très satisfaits des prestations offertes dans le cadre des différentes activités (72 % très satisfaits et 28 % satisfaits).

Cette enquête a permis de remonter plusieurs points à améliorer concernant notamment la consolidation des outils proposés (mises à jour, nouveaux outils, etc.), la communication vers les utilisateurs et la mutualisation des compétences (workflows d'analyse, tutoriaux, etc.).

Les utilisateurs soulignent également la qualité des services proposés par la plateforme.

We collected 46 answers to the satisfaction survey about the platform services (over 2,000 referenced users). About 50 % of these answers originate from external users.

The most prevalent activity is "E-infrastructure" (computing cluster, Galaxy, JBrowse, Apollo, R, storage space or bio-informatics tools), with 63 % of the answers.

Globally, the users are very satisfied by the platform services: 72 % very satisfied and 28 % satisfied.

This survey puts forward some improvement suggestions, such as strengthening of the resources (tool updates, new tools, etc.), communicating toward users and skills sharing (analysis workflows, tutorials, etc.).

The users also underline the quality of the services offered by ABiMS.

 

Ressources Humaines

Arrivées 2019

Ehsan Kayal, depuis janvier 2019 dans le cadre du PIA IdeAlg. Ehsan est en charge du traitement des données du projet Phaeoexplorer. Il s’implique plus particulièrement dans les analyses d’insertions virales et l’analyse des génomes plastidiaux (2 ans (après prolongation du projet)) . 

Gregory Farrant a été recruté en février 2019 pour une durée de 24 mois par l’UMR 7144 et hébergé sur la plateforme ABiMS dans le cadre du SAD “Roskobaz” visant au développement d’une base de données de marqueurs génétiques pour inférer les variations temporelles de communautés microbiennes marines en Manche.

François Gerbes a été recruté en mars 2019 en tant qu’ingénieur Dev Ops pour une durée de 1 an (renouvelable) au sein de l’IFB et positionné sur la plateforme ABiMS. Il a en charge l’automatisation du déploiement de l’ensemble des composants du NNCR-cluster en lien avec l’équipe projet :  automatisation des processus de mise en production, encapsulation (conteneurs), installation d’outils, déploiement automatique d’environnements.

Jukka Siltanen, IE développeur recruté en mai 2019 pour 7 mois dans le cadre du projet PHYTOBS:  Il a en charge la réalisation du portail Web d'accès aux données pour le SNO PHYTOBS. En collaboration avec les partenaires IFREMER, Jukka est également chargé d'une part de la mise en place des flux de données entre la base de données PELAGOS du RESOMAR et le portail Web du SNO PHYTOBS, et d'autre part à la mise en place de certains des composants de ce portail. Jukka poursuivra son contrat en 2020 dans le cadre du SNO BENTHOBS.

Anais Rey , IE Bioanalyse MNHM Dinard recrutée en juin 2019 pour 6 mois et positionnée sur la plateforme ABiMS en collaboration avec l’équipe DyDIV. Son projet vise en particulier à comparer puis, si possible, combiner les données obtenues par comptage visuel des poissons en plongée-sous-marine et celles obtenues par metabarcoding sur ADN environnemental, dans un site pilote pour la DCSMM (Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin), la baie de Morlaix.

David Zwolinski,  IE Administration système et réseau. David est arrivé au sein du service depuis le mois de septembre dans le cadre d’une   FSEP depuis un laboratoire de l’IN2P3 à Caen. David rejoint l’équipe informatique et va assurer des missions d’Administration Système et Réseau.

Dean Mckeown, Post Doctorant SAD “Phaeoannot” en octobre 2019 pour une durée de 2 ans. Il aura en charge l'analyse des séquences du génome de l'algue brune (projet FG Phaeoexplorer) , à l'aide d'approches génomiques compartives pour caractériser les familles de gènes associés à des caractéristiques biologiques clés, en particulier les gènes susceptibles de jouer un rôle régulateur tels que les facteurs de transcription, les molécules de signalisation et les régulateurs de la chromatine. 

Départ 2019 

 

  • Delphine Nègre en octobre 2019 . Delphine entame une thèse à Nantes sous la direction de Samuel Bertrand.
  • Emilie Vignot en novembre 2019  
  • Guita Niang en décembre 2019. Guita démarre en 2020 in nouveau contrat à l'ONIRIS à Nantes.
  • Julien Saint Vanne en décembre 2019. Julien poursuivra son travail sur W4M dans le cadre du projet CHOPIN financé par Metabohub au laboratoire LABERCA de l’ONIRIS à Nantes en collaboration avec Yann Guitton.  

Un très grand merci à eux pour le travail effectué durant des années au sein de l’équipe. 

 

Par ailleurs en 2020 la plateforme recrutera 

  • un ingénieur développeur dans le cadre de l’ANR CINNAMON afin de poursuivre les développements de l'environnement de génomique comparative des cyanobactéries marine Cyanorak (1 an). (http://abims.sb-roscoff.fr/node/73) 
  • un ingénieur dev ops (1 an) dans le cadre du projet IdeAlg pour prendre en charge l'intégration des données du projet PhaeoExplorer dans le l’environnement GMOD. http://abims.sb-roscoff.fr/node/72)

 

 

Arrivals 2019

Ehsan Kayal, since January 2019 as part of the PIA IdeAlg. Ehsan is in charge of data processing for the Phaeoexplorer project. He is particularly involved in viral insertion analyses and plastic genome analysis (2 years (after extension of the project)). 

Gregory Farrant was recruited in February 2019 for a period of 24 months by UMR 7144 and hosted on the ABiMS platform as part of the "Roskobaz" DAS aimed at developing a database of genetic markers to infer temporal variations in marine microbial communities in the Channel.

Francois Gerbes was recruited in March 2019 as a Dev Ops engineer for a period of 1 year (renewable) within the IFB and positioned on the ABiMS platform. He is in charge of automating the deployment of all NNCR-cluster components in conjunction with the project team: automation of production start-up processes, encapsulation (containers), tool installation, automatic environment deployment.

Jukka Siltanen, IE developer recruited in May 2019 for 9 months as part of the PHYTOBS project: He is in charge of creating the Web portal for data access for the SNO PHYTOBS. In collaboration with IFREMER partners, Jukka is also responsible for setting up the data flows between the RESOMAR PELAGOS database and the SNO PHYTOBS web portal, as well as for setting up some of the portal's components. Jukka will continue his contract in 2020 as part of the SNO BENTHOBS.

Anais Rey, IE Bioanalysis MNHM Dinard recruited in June 2019 for 6 months and positioned on the ABiMS platform in collaboration with the DyDIV team.In particular, his project aims to compare and, if possible, combine data obtained by visual counting of scuba-diving fish and data obtained by metabarcoding on environmental DNA in a pilot site for the DCSMM (Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin), Morlaix Bay

David Zwolinski, IE System and Network Administration.David joined the department in September as part of an FSEP from an IN2P3 laboratory in Caen.David joins the IT team and will be responsible for System and Network Administration missions.

Dean Mckeown, Post Doctoral Student SAD "Phaeoannot" in October 2019 for a period of 2 years.He will be in charge of analysing brown algae genome sequences (FG Phaeoexplorer project), using comparative genomic approaches to characterise gene families associated with key biological characteristics, in particular genes that may play a regulatory role such as transcription factors, signaling molecules and chromatin regulators.

 

Departure 2019

Delphine Nègre in October 2018.Delphine starts a thesis in Nantes under the direction of Samuel Bertrand.

Emilie Vignot in November 2019

Guita Niang in December 2019. Guita will continue on a new contract in Nantes ONIRIS.

Julien Saint Vanne in December 2018. Julien will continue his work on W4M as part of the CHOPIN project funded by Metabohub at ONIRIS' LABERCA laboratory in Nantes in collaboration with Yann Guitton.

A very big thank you to them for the work they have done over the years as part of the team.

 

In addition, in 2020 the platform will recruit 

  • a dev ops engineer within the framework of the ANR CINNAMON to continue the development of the comparative genomic environment of Cyanorak marine cyanobacteria (1 year).(http://abims.sb-roscoff.fr/node/73)
  • a dev ops engineer (1 year) as part of the IdeAlg project to support the integration of PhaeoExplorer project data into the GMOD environment. (http://abims.sb-roscoff.fr/node/72)

 

Publications 2019 :

  • Cátia Monteiro, Sandra Heinrich, Inka Bartsch, Klaus Valentin, Erwan Corre, Jonas Collén, Lars Harms, Gernot Glöckner and Kai Bischof. Temperature Modulates Sex-Biased Gene Expression in the Gametophytes of the Kelp Saccharina latissima. Frontiers in Marine Science. 1 December 2019 | Volume 6 | Article 769 doi: 10.3389/fmars.2019.00769 
  • Elham Karimi, Enora Geslain, Hetty KleinJan, Gwenn Tanguy, Erwan Legeay, Erwan Corre, Simon M Dittami.  Genome sequences of seventy-two bacterial strains isolated from Ectocarpus subulatus: a resource for algal microbiology. Genome Biology and Evolution, 2019 . evz278, https://doi.org/10.1093/gbe/evz278
  • Monteiro, Catia; Li, Huiru; Bischof, Kai; Bartsch, Inka; Valentin, Klaus; Corre, Erwan; Collen, Jonas; Harms, Lars; Glöckner, Gernot; Heinrich, Sandra. Is local adaptation driving the transcriptomic responses to multiple stressors in the kelp Saccharina latissima?" BMC Plant Biology . https://doi.org/10.1186/s12870-019-2124-0
  • Nègre, Aite, Belcour, Frioux, Brillet-Guéguen, Liu, Bordron, Godfroy, Lipinska, Leblanc, Siegel, Dittami, Corre, and Markov, “Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus,” Antioxidants, vol. 8, no. 11, pp. 564–23, Nov. 2019.DOI: 10.3390/antiox8110564
  • Annie Lebreton, Erwan Corre, Jean-Luc Jany, Loraine Gueguen, Carlos Perez-Arques, Misharl Monsoor, Robert Debuchy, Christophe Le Meur, Emmanuel Coton, Georges Barbier, Laurence Meslet-Cladière. 2019. Comparative genomics applied to Mucor species with different lifestyles. Accepted in BMC Genomics
  • Dittami SM, Arboleda E, Auguet J-C, Bigalke A, Briand E, Cárdenas P, Cardini U, Decelle J, Engelen A, Eveillard D, Gachon CMM, Griffiths S, Harder T, Kayal E, Kazamia E, Lallier FH, Media M, Marzinelli EM, Morganti T, Pons LN, Prado S, Pintado J, Saha M, Selosse M-A, Skillings D, Stock W, Sunagawa S, Toulza E, Vorobev A, Leblanc C, Not F. 2019. A community perspective on the concept of marine holobionts: state-of-the-art, challenges, and future directions. PeerJ Preprints: No. e27519v1. https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.27519v3
  • Ohdera A, Ames CL, Dikow RB. Kayal E, Chiodin M, Busby B, La S, Pirro S, Collins AG, Medina M, Ryan JF. 2019. Box, stalked, and upside-down? Draft genomes from diverse jellyfish (Cnidaria, Acraspeda) lineages: Alatina alata (Cubozoa), Calvadosia cruxmelitensis(Staurozoa), and Cassiopea xamachana (Scyphozoa). GigaScience 8(7): giz069. https://doi.org/10.1093/gigascience/giz069
  • Kayal M, Lewis H, Ballard J,Kayal E. 2019. Humanity and the 21st century’s resource gauntlet: a commentary on Ripple et al.'s article “World scientists’ warning to humanity: a second notice”.Rethinking Ecology. doi: 10.3897/rethinkingecology.4.32116
  • Marjorie Couton, Thierry Comtet, Sabrina Le Cam, Erwan Corre, Frédérique Viard. Metabarcoding on planktonic larval stages: an efficient approach for detecting and investigating life cycle dynamics of benthic aliens. accepted in  Management of Biological Invasions.
  • Alexandra Rahmani, Erwan Corre,Gaëlle Richard,Adeline Bidauld,Christophe Lambert, Louisi Oliveira, Cristiane Thompson, Fabiano Thompson, Vianney Pichereau, Christine Paillard. Transcriptomic analysis of clam extra pallial fluids reveals immunity and cytoskeleton alterations in the first week of Brown Ring Disease development. Fish & Shellfish Immunology.  https://doi.org/10.1016/j.fsi.2019.08.025
  • Huiru Li, Cátia Monteiro, Sandra Heinrich, Inka Bartsch, Klaus Valentin, Lars Harms, Gernot Glöckne, Erwan Corre, Kai Bischof. Responses of the kelp Saccharina latissima (Phaeophyceae) to the warming Arctic: from physiology to transcriptomics. Physiologia Plantarum, https://doi.org/10.1111/ppl.13009.
  • François Thomas, Erwan Corre & Aurélie Cébron .Stable isotope probing and metagenomics highlight the effect of plants on uncultured phenanthrene-degrading bacterial consortium in polluted soil. The ISME Journal (2019).https://doi.org/10.1038/s41396-019-0394-z
  • Rombouts, I., Simon, N., Aubert, A., Cariou, T., Feunteun, E., Guérin, L., Hoebeke, M., McQuatters-Gollop, A., Rigaut-Jalabert, F., Artigas, L.F.  Changes in marine phytoplankton diversity: assessment under the Marine Strategy Framework Directive. Ecological Indicators. https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.02.009
  • Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Fabienne Rigaut-Jalabert, Florence Le Gall, Samuel Chaffron, Erwan Corre, Emmanuelle Com, Estelle Bigeard, Anne-Claire Baudoux. First Viruses Infecting the Marine Diatom Guinardia delicatula. Frontiers in Microbiology, section Aquatic Microbiology. 09 January 2019 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.03235