Using the cluster - SLURM

By lecorguille on
Objectifs
  • Understand the concepts and best practices for using computing resources.
  • To be able to use the platform's computing resources independently.
     
Programme
  • Introduction: equipment (computing and storage), workspaces, tools and data.
  • Parallel computing: concepts, resources
  • Submitting jobs (srun, sbatch)
  • Monitoring, checking and controlling jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).
  • Basics of job optimisation
  • Solutions for parallelizing jobs: (--array)
  • Presentation of Open OnDemand
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Be autonomous with Linux or have followed the Linux initiation module.
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
60 %
Partie pratique
40 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Gildas LE CORGUILLÉ / Loraine GUÉGUEN / Mark HOEBEKE

R Initiation

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Pour une personne qui découvre R : savoir utiliser R de manière autonome et comprendre les principes de
    base
  • Être capable de suivre le module Manipulation et visualisation de données avec R
Programme
  • Introduction à l'IDE Rstudio
  • Créer un projet et un script
  • Structures de données : qu'est-ce qu'une variable, un type, un objet ?
  • Manipulation de données de base
  • Utiliser des fonctions de packages externes
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Aucun
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
40 %
Partie pratique
60 %
Durée
0.50 journée(s)
Intervenant·es
Charlotte BERTHELIER / Nicolas HENRY
Date

Manipulation et visualisation de données avec R

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Importer, structurer, transformer et exporter un tableau de données avec R
     
  • Générer des figures de qualité pour, par exemple, une publication scientifique
Programme
  • Introduction au tidyverse (metapackage pour manipuler, visualiser et analyser des données)
  • Import et export de tableaux de données (csv, excel, google sheet, etc.) Manipulation de tableaux de données avec dplyr et tidyr (filtre, aggregation, jointure)
  • Manipulation de chaînes de caractères et de dates avec stringr et lubridate
  • Introduction aux concepts de visualisation de données
  • Apprendre à utiliser ggplot2 grâce à esquisse
  • Partager ses résultats avec Quarto
  • Aucune notion de statistique ne sera abordée durant ce cours
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Avoir suivi le module R initiation ou avoir déjà utilisé R pour des tâches simples (par exemple : importer un fichier csv, faire un test statistique, faire une figure avec plot() etc.)
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
50 %
Partie pratique
50 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Nicolas HENRY / Charlotte BERTHELIER
Date

Linux Avancé

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Savoir utiliser des commandes linux pour traiter de grosses quantités de données : fichiers
    volumineux et/ou en grands nombres : recherche, comptage, tri, fusion, …
Programme
  • Introduction
  • Décrire (wc, grep)
  • Manipuler des fichiers tabulés (cut, sort)
  • Rechercher dans/filtrer les contenus des fichiers (grep)
  • Redirections / Pipelines (stdin, stdout, stderr, >, 2>, &&, |)
  • Recherche avancée : expressions régulières (egrep)
  • Automatiser les filtres/recherches/remplacements  (tr, sed)
  • Manipuler de fichiers tabulés : mode avancé (awk)
  • Traitement séquentiel de nombreux fichiers (for)
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Avoir suivi le module « Linux Initiation » ou maîtriser son programme
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
30 %
Partie pratique
70 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Gildas LECORGUILLÉ / Loraine GUÉGUEN / Mark HOEBEKE
Date

Principes FAIR et initiation à Git

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Principes FAIR :
    • Connaître les principes FAIR
    • Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la collecte et/ou l'analyse de données
  • Initiation à Git :
    • Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version
    • Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet
    • Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet
    • Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet
    • Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet
    • Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches
    • Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers
Programme
  • Principes FAIR
    • Présentation des principes FAIR
    • Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, traitements et analyses, mise en accès
  • Initiation à Git
    • Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)
    • Présentation des principes de fonctionnement de Git
    • Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,
      push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Avoir une pratique minimale de la ligne de commande Linux (ls,cd,pwd)
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
30 %
Partie pratique
70 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Charlotte BERTHELIER / Nicolas HENRY / Gildas LE CORGUILLÉ / Loraine GUÉGUEN

Galaxy Initiation

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données.

  • Être en mesure de créer ses workflows.

     

Programme
  • Téléchargement des données à traiter.
  • Manipulation de fichiers.
  • Traitement des données.
  • Visualisation des résultats.
  • Création de workflows.
  • Partage de résultats et de workflows.
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Aucun
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
20 %
Partie pratique
80 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Loraine GUÉGUEN / Erwan CORRE / Gildas LE CORGUILLE
Date

Utilisation du cluster - SLURM

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.

  • Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.

     

Programme
  • Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.
  • Calcul parallèle : concepts, ressources
  • Soumission de jobs (srun, sbatch)
  • Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).
  • Base de l’optimisation d’un job
  • Solutions de parallélisation des jobs : (--array)
  • Présentation d'Open OnDemand
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Être autonome sous Linux ou avoir suivi le module Linux initiation
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
60 %
Partie pratique
40 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Gildas LE CORGUILLÉ / Loraine GUÉGUEN / Mark HOEBEKE
Date
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