Principes FAIR et initiation à Git

By Mark Hoebeke on
Objectifs
  • Principes FAIR :
    • Connaître les principes FAIR
    • Être capable de prendre en compte les principes FAIR dans l'ensemble des étapes d'un projet impliquant la collecte et/ou l'analyse de données
  • Initiation à Git :
    • Savoir définir ce qu’est un outil de gestion de version
    • Être capable d’initialiser un entrepôt Git pour un projet
    • Être capable de définir quels fichiers inclure/exclure d’un projet
    • Savoir enregistrer localement une nouvelle version pour un projet
    • Savoir partager des modifications locales avec tous les contributeurs d’un projet
    • Savoir gérer des modifications en parallèle en utilisant les branches
    • Connaître les bonnes pratiques pour contribuer à projet tiers
Programme
  • Principes FAIR
    • Présentation des principes FAIR
    • Exemples de bonnes pratiques dans la gestion des données : description, organisation du stockage, traitements et analyses, mise en accès
  • Initiation à Git
    • Présentation des avantages de la gestion de versions (projets individuels & projets collaboratifs)
    • Présentation des principes de fonctionnement de Git
    • Présentation et mise en œuvre des commandes principales de Git (clone, checkout, add, rm, commit, merge,
      push, pull) ; en ligne de commande ou en utilisant une interface graphique (GitHub et GitLab)
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Avoir une pratique minimale de la ligne de commande Linux (ls,cd,pwd)
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
30 %
Partie pratique
70 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Charlotte BERTHELIER / Nicolas HENRY / Gildas LE CORGUILLÉ / Loraine GUÉGUEN

Galaxy Initiation

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Objectifs
  • Savoir exploiter l’environnement Galaxy pour être en mesure d’analyser ses données.

  • Être en mesure de créer ses workflows.

     

Programme
  • Téléchargement des données à traiter.
  • Manipulation de fichiers.
  • Traitement des données.
  • Visualisation des résultats.
  • Création de workflows.
  • Partage de résultats et de workflows.
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Aucun
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
20 %
Partie pratique
80 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Loraine GUÉGUEN / Erwan CORRE / Gildas LE CORGUILLE
Date

Utilisation du cluster - SLURM

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Objectifs
  • Disposer des concepts et de bonnes pratiques d’utilisation des ressources de calcul.

  • Être capable d’utiliser les ressources de calcul de la plateforme en toute autonomie.

     

Programme
  • Introduction : les équipements (calcul et stockage), espaces de travail, les outils et les données.
  • Calcul parallèle : concepts, ressources
  • Soumission de jobs (srun, sbatch)
  • Monitorer, vérifier, controler les jobs (squeue, scontrol, scancel, sacct).
  • Base de l’optimisation d’un job
  • Solutions de parallélisation des jobs : (--array)
  • Présentation d'Open OnDemand
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Être autonome sous Linux ou avoir suivi le module Linux initiation
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
60 %
Partie pratique
40 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Gildas LE CORGUILLÉ / Loraine GUÉGUEN / Mark HOEBEKE
Date

Linux Initiation

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Objectifs
  • Être capable de se connecter à une machine Linux
  • Être capable de transférer des fichiers à partir de/vers une machine Linux
  • Être capable de naviguer dans le système de fichiers
  • Être capable d’examiner le contenu d’un fichier et de gérer l’espace disque
  • Être capable de gérer les droits d’accès aux répertoires et aux fichiers
  • Être capable de gérer le lancement, l’interruption et l’arrêt de processus
Programme
  • Établissement d’une connexion / Utilisation de la ligne de commande
  • Transferts de fichiers (FileZilla/CyberDuck, scp, wget)
  • Commandes pour la navigation dans le système de fichiers (pwd, cd, ls)
  • Commandes pour la manipulation de fichiers (cp, rm, cat, head, less, tar, du...)
  • Commandes pour la gestion des droits d’accès (chown, chmod,chgrp)
  • Commandes pour la gestion des processus (ps, kill, bg, fg)
  • Configuration de la console : fichier .bashrc / (alias)
Public
Personnel scientifique et technique
Prérequis
Aucun
Localisation
Sur site en présentiel
Partie théorique
30 %
Partie pratique
70 %
Durée
1.00 journée(s)
Intervenant·es
Jean-Michel AROUMOUGOM
Mark HOEBEKE
Date
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