Analysis and Bioinformatics for Marine Science
La plateforme ABiMS (Analysis and Bioinformatics for Marine Science) de la Station Biologique de Roscoff (CNRS/UPMC) est une des composantes de de l'Institut Français de Bio-informatique (IFB/ Réseau National de bioinformatique (ReNaBi)).
ABiMS assure la co-coordination de l’axe bioinformatique du dispositif inter-régionale BioGenOuest qui regroupe également les plateformes Bird (Nantes) et Genouest (Rennes)
ABiMS collabore avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées sous la forme de projets. Elle propose une offre de services s'articulant autour de plusieurs thématiques :
- mise à disposition d'un environnement pour le calcul scientifique (Infrastructure As A Service - IAAS)
- conseil et l'expertise dans l’analyse de données –omiques
- ingénierie logicielle (systèmes d’informations, bases de données, etc.)
- assistance aux utilisateurs et leur formation.
ABiMS est partenaire de plusieurs Projets des Investissements d’Avenir (PIA) en lien direct avec les Sciences de la Mer :
- La coordination du JDA3 (E-infrastructure) du projet EMBRC-France (INSB) qui a pour objectifs de développer un environnement intégré (données et outils) autour des modèles marins (algues, bactéries, métazoaires…).
- La coordination avec une équipe IRISA des activités de bioinformatique (analyses et développements d’outils) du projet IDEALG portée par l’UMR7139 (P. Potin / C. Boyen).
- La coordination des développements des bases de données du projet OCEANOMICS (UMR7144 / C. de Vargas) qui vise à développer des environnements intégrés pour l'exploitation du projet Tara Océans.
Accès à la plateforme : La plateforme est ouverte à la communauté, notamment marine. Pour toute demande d'ouverture de compte, envoyez un message à support.abims\AT\sb-roscoff.fr.
