Analysis and Bioinformatics for Marine Science | Analyses and Bioinformatics for Marine Science

Analysis and Bioinformatics for Marine Science


La plateforme ABiMS (Analysis and Bioinformatics for Marine Science) de la Station Biologique de Roscoff (CNRS/UPMC) est une des composantes de de l'Institut Français de Bio-informatique (IFB/  Réseau National de bioinformatique (ReNaBi)).
ABiMS assure la co-coordination de l’axe bioinformatique du dispositif inter-régionale BioGenOuest qui regroupe également les plateformes Bird (Nantes) et Genouest (Rennes)
ABiMS collabore avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées sous la forme de projets. Elle propose une offre de services s'articulant autour de  plusieurs thématiques :

  • mise à disposition d'un environnement pour le calcul scientifique (Infrastructure As A Service - IAAS)
  • conseil et l'expertise dans l’analyse de données –omiques
  • ingénierie logicielle (systèmes d’informations, bases de données, etc.)
  • assistance aux utilisateurs et leur formation.

ABiMS est partenaire de plusieurs Projets des Investissements d’Avenir (PIA)  en lien direct avec les Sciences de la Mer :

  • La coordination du JDA3 (E-infrastructure) du projet EMBRC-France (INSB) qui a pour objectifs de développer un environnement intégré (données et outils) autour des modèles marins (algues, bactéries, métazoaires…).
  • La coordination avec une équipe IRISA des activités de bioinformatique (analyses et développements d’outils) du projet IDEALG portée par l’UMR7139 (P. Potin / C. Boyen).
  • La coordination des développements des bases de données du projet OCEANOMICS (UMR7144 / C. de Vargas) qui vise à développer des environnements intégrés pour l'exploitation du projet Tara Océans.

Accès à la plateforme : La plateforme est ouverte à la communauté, notamment marine. Pour toute demande d'ouverture de compte, envoyez un message à support.abims\AT\sb-roscoff.fr.
 
 

Ecole Bioinformatique AVIESAN octobre 2014

17 juin 2014

L'ITMO Génétique, génomique et bioinformatique organise avec le support de 8 plateformes de bioinformatique, une troisième école de bioinformatique "Initiation au traitement des données...

Nouvelle version de R : 3.0.2

06 mai 2014


La version courante de R est désormais la version 3.0.2.

Tous les modules ont été migrés, mais merci de signaler d'éventuels dysfonctionnement à l’alias
...

Résultats enquête de satisfaction ABiMS 2013

30 avr. 2014

47 personnes ont répondu à l'enquête de satasfaction des activités de la plateforme, avec une majorité d'externes (60%) liée aux usages "Galaxy".
La prestation la plus sollicitée est '...

10 avril : Maintenance

24 mars 2014

Arrêt du cluster de calcul le jeudi 10 avril de 17h à 19h.

Espace /scratch

28 févr. 2014

Un nouvel espace de stockage temporaire /scratch  est mis à la disposition des utilisateurs du Cluster.
Cet espace, dont la capacité actuelle est de 20 To, mais qui pourra...

Cluster : Migration des noeuds de calcul en CentOS 6.5

03 févr. 2014

Migration progressive de l'ensemble du cluster de calcul en CentOS 6.5 afin d'être homogène.

Ecole thématique AVIESAN 17-22 Novembre 2013

17 juill. 2013

Ll'ITMO Génétique, génomique et bioinformatique organise avec le support de 8 plateformes de bioinformatique, une deuxième *école de bioinformatique "Initiation au traitement des données de...

Formations Bio-informatique 2013

17 juin 2013


Le cycle ABiMS de formation est ouvert !!

Gen2Bio Nantes jeudi 28 mars 2013

17 févr. 2013


La plateforme ABiMS propose un atelier e-workflow basé sur Galaxy  lors de la...

Ecole Bioinformatique IFB / AVIESAN

17 déc. 2012

Ecole chercheur 'Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit' du 14 au 18 janvier organisée à Roscoff avec le concours de nombreuses...

Ecole Bioinformatique IFB / AVIESAN

17 déc. 2012

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Gen2Bio Nantes jeudi 28 mars 2013

17 févr. 2013


La plateforme ABiMS propose un atelier e-workflow basé sur Galaxy  lors de la...

Formations Bio-informatique 2013

17 juin 2013


Le cycle ABiMS de formation est ouvert !!

Ecole thématique AVIESAN 17-22 Novembre 2013

17 juill. 2013

Ll'ITMO Génétique, génomique et bioinformatique organise avec le support de 8 plateformes de bioinformatique, une deuxième *école de bioinformatique "Initiation au traitement des données de...

Cluster : Migration des noeuds de calcul en CentOS 6.5

03 févr. 2014

Migration progressive de l'ensemble du cluster de calcul en CentOS 6.5 afin d'être homogène.

Espace /scratch

28 févr. 2014

Un nouvel espace de stockage temporaire /scratch  est mis à la disposition des utilisateurs du Cluster.
Cet espace, dont la capacité actuelle est de 20 To, mais qui pourra...

10 avril : Maintenance

24 mars 2014

Arrêt du cluster de calcul le jeudi 10 avril de 17h à 19h.

Résultats enquête de satisfaction ABiMS 2013

30 avr. 2014

47 personnes ont répondu à l'enquête de satasfaction des activités de la plateforme, avec une majorité d'externes (60%) liée aux usages "Galaxy".
La prestation la plus sollicitée est '...

Nouvelle version de R : 3.0.2

06 mai 2014


La version courante de R est désormais la version 3.0.2.

Tous les modules ont été migrés, mais merci de signaler d'éventuels dysfonctionnement à l’alias
...

Ecole Bioinformatique AVIESAN octobre 2014

17 juin 2014

L'ITMO Génétique, génomique et bioinformatique organise avec le support de 8 plateformes de bioinformatique, une troisième école de bioinformatique "Initiation au traitement des données...