Analysis and Bioinformatics for Marine Science
Formations Bio-informatique 2013
Le cycle de formation est ouvert !!
Gen2Bio Nantes jeudi 28 mars 2013
La plateforme ABiMS propose un atelier e-workflow basé sur Galaxy lors de la prochaine conférence Gen2Bio.
Ecole Bioinformatique IFB / AVIESAN
Ecole chercheur 'Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit' du 14 au 18 janvier organisée à Roscoff avec le concours de nombreuses plateformes (Curie, URGI, Genotoul, Orsay, etc.) de l'Institut Français de Bioinformatique et le soutien de l'ITMO GGB.
Plus d'informations et le programme complet sur le site de l'AVIESAN.
La plateforme ABiMS (Analysis and Bioinformatics for Marine Science) est partie intégrante de la Station Biologique de Roscoff et est rattachée au Service Informatique et Bioinformatique. L'équipe est composée de 4 permanents et de plusieurs bioinformaticiens sous contrat. Elle est également intégrée au Réseau National de bioinformatique (ReNaBi) et à l’axe bioinformatique de BioGenOuest.
Les thématiques abordées par la plateforme concernent l’étude et à l’analyse des données issues du monde marin (algues, poissons, cyanobactéries, picoplancton…), et sont en lien direct avec les 2 axes de recherche de la Station Biologique que sont la biologie et l'écologie. ABiMS interagit avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées et a pour principales missions :
- La mise à disposition d’une infrastructure dédiée au calcul scientifique (cluster, ressources de stockage, données et outils)
- Le conseil et l'expertise dans l’analyse de données en adéquation avec les nouveaux défis en biologie (NGS, imagerie haut-débit, métagénomique, annotation…)
- L'ingénierie avec la conception et le développement de systèmes d’informations pour le traitement et l'analyse des données (bases de données, interopérabilité…)
- L'assistance et la formation à l’utilisation des outils de bioinformatique
Une démarche qualité ISO9001:2008 est actuellement menée sur l’ensemble des activités de la plateforme.
La plateforme est impliquée dans plusieurs projets ANR "Investissements d'avenir"
- l'infrastucture EMBRC-France avec la coordination du WP e-infrastructure
- les projets IDEALG et Oceanomics
- l'Institut Français de Bioinformatique qui fédére l'ensemble des plateformes de bio-informatique
Accès à la plateforme : La plateforme est ouverte à la communauté, notamment marine. Pour toute demande d'ouverture de compte, envoyez un message à support.abims\AT\sb-roscoff.fr.
