24-month postdoctoral fellowship in brown algal genomics

Post doctorat : 24 mois Projet AlgAnnot : Génomique comparative des macro algues brunes

(english below)

Une bourse postdoctorale de 24 mois est disponible sur la plateforme de bioinformatique ABiMS (Station biologique de Roscoff, Bretagne, France) en génomique comparative des algues brunes.

CONTEXTE

Les algues brunes restent encore  mal caractérisées à l’échelle génomique par rapport aux autres groupes eucaryotes majeurs tels que les plantes terrestres et les animaux. Pour en savoir plus sur la biologie de ce groupe d’organismes, la Station Biologique de Roscoff, en collaboration avec Genoscope et un consortium international, a lancé un projet visant à générer des séquences génomiques complètes pour 41 espèces d’algues brunes et quatre groupes frères. La phase de séquençage de ce projet est presque terminée et les génomes assemblés et annotés sont en cours de génération.

MISSION ET OBJECTIF

Dans le cadre de ce projet postdoctoral, les données Phaeoexplorer seront exploitées afin de développer de nouvelles techniques, technologies et produits pour le secteur de l'aquaculture et valorisation des macroalgues dans le cadre de projets tel que Idealg (ANR Investissement d'Avenir) et Genialg (BG-01 BlueGrowth H2020).

Le-la candidat(e) sera impliqué dans l'analyse de ces séquences génomiques, en utilisant des approches de génomique comparative pour caractériser les familles de gènes associées aux caractéristiques biologiques clés des algues brunes. L'analyse portera en particulier sur les gènes susceptibles de jouer un rôle régulateur, tels que les facteurs de transcription, les molécules de signalisation et les régulateurs de la chromatine.   Dans le cadre du projet, il sera possible d’adapter les objectifs pour tirer parti de l’expérience passée du/de la candidat(e) sélectionné(e).

Le poste est cofinancé par la région Bretagne et par le projet Idealg de l'Agence nationale de la recherche.

ACTIVITES ESSENTIELLES

- Analyse de données RNA-seq  et DNA-seq

- Annotation structurale et fonctionnelle de génome eucaryotes

- Analyses phylogénétique et évolutives de familles de gènes

- Génomique comparée

- Interprétation et mise en forme (publication) des résultats obtenus

COMPETENCES:

Connaissances nécessaires pour occuper les fonctions :

- Connaissances pratique de l'annotation de génome eucaryotes et phylogénie moléculaire

- Connaissances théorique en génétique et biologie moléculaire

Aptitudes techniques spécifiques aux fonctions :

- Bonnes compétences en analyse statistique, programmation 

Sens relationnel, rigueur, créativité :

- qualité rédactionnelles

- enthousiasme

- autonomie

L'institut d'accueil: La Station Biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Il est situé dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l’est de Brest. Le personnel du SBR comprend environ 200 employés permanents. ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) est une plate-forme de bioinformatique travaillant en étroite collaboration avec plusieurs groupes de recherche au sein de l'institut. Elle fournit à la fois son expertise en analyse de données et développements, des outils et  une infrastructure informatique performante permettant d'assurer contexte efficace pour une recherche intégrée.

Application: Les candidats doivent être titulaires d'un doctorat et avoir passé au maximum 18 mois en France lors des 3 dernières années (ceci à compter de avril 2018). Veuillez contacter Dr. Erwan Corre (corre@sb-roscoff.fr) en rappelant la référence “ Projet AlgAnnot : Génomique comparative des macro algues brunes “ avec votre CV et les noms de trois référents. Date limite d'envoi des candidatures: 31 mars 2019. Date de début: a partir du 1 mai, au plus tard le 3 juin 2019.

ENGLISH VERSION

24-month postdoctoral fellowship in brown algal genomics

A 24-month postdoctoral fellowship is available in the Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABiMS, Station Biologique de Roscoff, Brittany, France) in comparative brown algal genomics.

Subject: The brown algae remain poorly characterised at the genome level compared with other major eukaryotic groups such as land plants and animals. To learn more about the biology of this group of organisms, the Station Biologique de Roscoff, in collaboration with Genoscope and an international consortium, has initiated a project to generate complete genome sequences for 41 diverse brown algal species and four sister groups. The sequencing phase of this project is almost complete and the assembled and annotated genomes are currently being generated. The postdoctoral fellow will be involved in the analysis of these genome sequences, using comparative genomics approaches to characterise gene families associated with key biological features of brown algae. The analysis will focus particularly on genes that are likely to play a regulatory role such as transcription factors, signalling molecules and chromatin regulators. There will be scope within the project to adapt the objectives to take advantage of the past experience of the selected candidate. The post is jointly financed by the Brittany Region and by the "Agence Nationale de la Recherche" project Idealg.

ACTIVITIES:

- Analysis of RNA-seq and DNA-seq data

- Structural and functional annotation of eukaryotic genomes

- Phylogenetic and evolutionary analysis of gene families

- Comparative genomics

- Interpretation and formatting (publication) of the results obtained

SKILLS:

Knowledge required to perform the duties:

- Practical knowledge of eukaryotic genome annotation and molecular phylogeny

- Theoretical knowledge in genetics and molecular biology

Technical skills specific to the functions:

- Good skills in statistical analysis, programming

Relational sense, rigor, creativity:

- scientific writing ability

- enthusiasm

- autonomy
 

The host institute: The Station Biologique de Roscoff (SBR) is a marine biology and oceanology research centre (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). It is situated in the town of Roscoff on the beautiful north coast of Brittany about 60 km east of Brest. The personnel of the SBR includes about 200 permanent staff. ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) is a computer platform that works closely with multiple research groups within the institute allowing it to provide both state-of-the-art computer tools and facilities and an efficient context for integrated research.

Application: Candidates must hold a doctorate and have spent no more than 18 months in France in the last 3 years (from april 2018). Please contact Dr. Erwan Corre (corre@sb-roscoff.fr) mentioning the subject “24-month postdoctoral fellowship in brown algal genomics“ with a CV and the names of three referees. Deadline for applications: 31st of march 2019. Start date: from the 1st of May but no later than the 3rd of June 2019.