One-year engineer position in Development and Bioanalysis : CINNAMON project

One-year engineer position in Development and Bioanalysis : CINNAMON project

Context :

The ABIMS platform of the Roscoff Biological Station offers a one-year bioinformatics position in data integration software development to further develop the Cyanorak v2 information system (www.sb-roscoff.fr/cyanorak), a bioinformatics tool dedicated to the curation and annotation of groups of orthologic sequences of marine picocyanobacteria. This information system will be used as part of the ANR CINNAMON project (2018-2020) for in-depth comparative genomics and meta-genomics/-transcriptomics analyses to be carried out by the collaborators of the CINNAMON project: ECOMAP team of UMR7144 in Roscoff (www.sb-roscoff.fr/fr/team-marine-phototrophic-prokaryotes) and UMR 6004 LS2N-Combi in Nantes (http://www.ls2n.fr/tag/equipe-combi/).

Missions :

The successful candidate will be responsible for two significant improvements to the Cyanorak V2 information system. On the one hand, it will automate the process of adding new genomes to the database by developing middleware that ensures transparent execution of the various steps of data preparation (cleaning/formatting of primary data, clustering, imports, etc.) required to add new genomes to the database. On the other hand, it will work on the web interface of the database to improve its scalability. Optimizations will be made to improve the expert genome annotation process and graphical representations of the data, in stand-alone mode or weakly coupled to existing software solutions (such as JBrowse).

Expected skills:

The selected candidate must have solid experience in software development more specifically in object-oriented methodology (with significant previous experience in Java and/or Python); a working knowledge of relational database management systems (PostgreSQL), and how to interface them in object-oriented languages. He/she should also be familiar with the technologies/frameworks used for Web development (HTML, CSS, JavaScript/JQuery, Bootstrap). Previous use of bioinformatics tools and different data formats will be a major asset.

Monthly salary: approximately €2,000, depending on experience, based on the Sorbonne University salary scales.

Starting date : jan. 2020

Contact: Please send your CV and application letter to erwan.corre@sb-roscoff.fr specifying the title of the position: "One-year Engineer positionDevelopment and Bioanalysis: CINNAMON project".

CDD Ingénieur d’un an en Développement et Bioanalyse : projet CINNAMON

Contexte :

La plateforme ABIMS de la Station Biologique de Roscoff propose un CDD d’un an en bioinformatique en développement logiciels intégration de données pour poursuivre le développement du système d'information Cyanorak v2 (www.sb-roscoff.fr/cyanorak), un outil bioinformatique dédié à la curation et à l'annotation de groupes de séquences orthologues de picocyanobactéries marines. Ce système d'information sera utilisé dans le cadre du projet ANR CINNAMON (2018-2020) pour des analyses approfondies de génomique comparative et méta-génomiques/-transcriptomiques qui seront menées par les collaborateurs du projet CINNAMON : Equipe ECOMAP de l’UMR7144 à Roscoff (www.sb-roscoff.fr/fr/team-marine-phototrophic-prokaryotes) et UMR 6004 LS2N-Combi à Nantes (http://www.ls2n.fr/tag/equipe-combi/).

Missions :

Le candidat retenu sera responsable de deux améliorations significatives du système d'information Cyanorak V2. D'une part, il automatisera le processus d'ajout de nouveaux génomes à la base de données en développant un middleware assurant une exécution transparente des différentes étapes de la préparation des données (nettoyage/formatage des données primaires, clustering, imports, etc.) nécessaires pour l'ajout de nouveaux génomes à la base de données. D’autre part, il travaillera sur l'interface web de la base de données pour améliorer son évolutivité. Des optimisations seront réalisées afin d’améliorer le processus d'annotation experte des génomes ainsi que les représentations graphiques des données, en mode autonome, ou faiblement couplées à des solutions logicielles existantes (telles que JBrowse).

Compétences attendues :

Le(la) candidat(e) sélectionné(e) devra avoir une solide expérience dans le développement logiciel plus spécifiquement dans la méthodologie orientée objets (avec une expérience antérieure significative en Java et/ou en Python) ; une connaissance pratique des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (PostgreSQL), et la manière de les interfacer dans des langages à objets. Il/elle devra également être familier/familière avec les technologies/frameworks utilisées pour le développement Web (HTML, CSS, JavaScript/JQuery, Bootstrap). L'utilisation antérieure d’outils bioinformatiques et de différents formats de données sera un atout majeur.

Rémunération brute mensuelle: environ 2 000 €, en fonction de l’expérience, sur les bases des grilles salariales Sorbonne Université.

Debut du contrat : janvier 2020

Contact : Merci d'envoyer votre CV et votre lettre de candidature à erwan.corre@sb-roscoff.fr en specifiant le titre de l'annonce : " CDD Ingénieur d’un an en Développement et Bioanalyse : projet CINNAMON"

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