Stage M1 : Recrutement de bacteries du genre Zobellia dans les métagénomes marins

Sujet de stage de Master 1 dans le cadre du Projet Algavor (ANR F. Thomas - UMR8227).

Contexte :

Le recyclage de la biomasse de macroalgues s'appuie fortement sur des bactéries pionnières capables d'attaquer les tissus intacts des algues et de libérer des produits de dégradation. Dans le cadre de ce projet, nous explorons de la présence de certaines de ces bactéries pionnières du genre Zobellia dans des métagénomes marins, côtiers ou associés aux algues.

Objectifs du stage : 

Les génomes disponibles de souches pures de Zobellia seront utilisés pour évaluer la distribution, l'abondance de ce genre en milieu marin. Les lectures correspondantes à ces organismes seront par la suite assemblées sous formes de MAGS (Metagenome Assembled Genome) et une annotation fonctionnelle de ces assemblages sera réalisée. De plus, nous comparerons le matériel enzymatique détecté dans ces métagénomes à celui des souches cultivées afin d’étudier une potentielle adaptation de ces organismes à leur environnement.

Outils utilisés :

Assignation taxonomique (Kraken-Brakken) , assemblage de métagenome (SPAdes), annotation fonctionnelle (prokka) et recherche dans des banques dédiées (CAZy).

Stage de 2 à 6 mois - date à définir
CV et lettre de motivation : Francois Thomas (francois.thomas@sb-roscoff.fr) et Erwan Corre (erwan.corre@sb-roscoff.fr)