Stage M2: Analyse comparative d’espèces de krill polaires, subpolaires et subtropicales : une approche transcriptomique de l’effet de la température.

Nom de l'entreprise ou du laboratoire :

Plateforme ABiMS (FR2424) / équipe DYDIV (DYnamique de la DIVersité marine)  de l’UMR 7144 (Adaptation et Diversité en Milieu Marin)

Adresse où se déroulera le stage :

Plateforme ABiMS, FR2424, Station Biologique de Roscoff. Place Georges Teissier. 29680 ROSCOFF

Responsables du stage (personnes qui seront à contacter par les candidats):

- Nom, Prénom : Corre Erwan

- Statut (Ing, chercheur, DR, MCF, Pr, autre) : Ingénieur de Recherche

- Coordonnées (mél, tél) : corre@sb-roscoff.fr. Tel : 02 98 29 25 43

- Nom, Prénom : Toullec Jean Yves

- Statut (Ing, chercheur, DR, MCF, Pr, autre) : Maître de conférences Sorbonne Université

- Coordonnées (mél, tél) : toullec@sb-roscoff.fr. Tel :  02 98 29 25 27

Titre du stage :

Analyse comparative d’espèces de krill polaires, subpolaires et subtropicales : une approche transcriptomique de l’effet de la température.

Mots clés résumant les méthodes et techniques à utiliser au cours du stage :

Analyse transcriptomique, Évolution moléculaire, bases de données, visualisation

Résumé du projet de stage (½ page à 1 page) :

Le stage se déroulera sur la plateforme de bio-informatique de la station biologique de Roscoff (ABiMS) en étroite collaboration avec l’équipe DYnamique de la DIVersité marine.

Contexte scientifique

La distribution géographique des espèces ectothermes est déterminée en partie par la température, comme semble l’attester la répartition des espèces en fonction du gradient thermique latitudinal et, de l’enfoncement bathymétrique des espèces marines boréales le long de ce gradient (Bedulina et al., 2013, De Broyer et al., 2014, Morley et al., 2010, Morley et al., 2012). Outre l’histoire évolutive propre à chaque espèce, la compréhension des mécanismes physiologiques qui sous-tendent cette répartition température-dépendante doit permettre d’expliquer la distribution actuelle des espèces mais également de prédire comment le réchauffement global est susceptible d’impacter les espèces là où elles se trouvent et comment elles seront capables d’y faire face (Somero, 2010, Tomanek, 2010). Il importe alors de choisir des écotypes d’une espèce cosmopolite et/ou un complexe d’espèces phylogénétiquement proches, mais présentant des aires de distribution bien démarquées avec des propriétés thermiques différentes.

Ainsi, les euphausiacés, communément appelés "krill", constituent un bon modèle en termes de diversité et de distribution latitudinale nécessitant diverses adaptations, y compris la température. Elles sont la proie principale des prédateurs marins tels que les oiseaux de mer, les poissons ou les mammifères marins, et elles représentent à la fois un lien direct entre les niveaux extrêmes de la chaîne alimentaire et son pilier.  Avec 85 espèces, les Euphausiidae sont la grande famille de l'ordre des Euphausiacea (86 espèces).

Dans ce cadre, L’équipe DYDIV (DYnamique de la DIVersité marine)  de l’UMR 7144 (Adaptation et Diversité en Milieu Marin) a constitué au fil des années une ressource unique au niveau mondial de données transcriptomiques d’euphausiacés et dispose d’ors et déjà des transcriptomes de 17 espèces polaires ou subpolaires.

Objectifs du stage

Les deux objectifs principaux du stage sont :

- de finaliser l’analyse d’une collection de transcriptomes et protéomes d’une vingtaine d’euphausiacés. Cet objectif inclura des étapes de bio-analyse des données (assemblage, validation qualité, annotation fonctionnelle)

- d’organiser dans une base de référence des données d’assemblages et données contextuelles. La structure de la base de données est existante sur la plate-forme, mais qui pourra nécessiter des adaptations.

En fonction de l’avancée du stage, des compétences et de l’appétence du/de la candidat/e une analyse complémentaire des gènes sous sélection positive au sein des différentes familles d’euphausiacés en utilisant le pipeline développé par l’unité pourra être réalisée.

Compétences souhaitées :

-Familiarité avec les logiciels biologiques et statistiques pour l’analyse des données à haut débit (par exemple, programmes d’assemblage, d’évaluation et d'annotation des gènes)

-Pratique d’un ou plusieurs langages de programmation (Python, JavaScript, R)

-Bases de données (PostGreSQL/MySQL)

-Maîtrise d'Unix/Linux et l'expérience des clusters

-Connaissance des bonnes pratiques de développement (gestion de version, tests unitaires, etc.)

Montant des indemnités de stage : rémunération de stage statutaire

Durée du stage : 6 mois