ABIMS News October 2017

Bonjour à tous

Vous retrouverez désormais dans cette lettre d’information, que nous espérons devenir régulière, les dernières nouvelles de la plateforme ABiMS.

You will find in this newsletter, which we hope to become regular, the latest news from the ABiMS platform.

Équipe : Nouveaux CDD et thèses accueillies

Nouvelles arrivées:

Émilien Ledant rejoint l’équipe ABiMS à compté du 25 septembre 2017. Il travaillera dans le cadre d’un financement Biogenouest portant sur le développement de l’instance galaxy W4M autour d’outils dédiés à l’analyse de données MS/MS . Ce travail se fait  en collaboration étroite avec le réseau Corsaire (dispositif BGO) et la plateforme MetaboMer. Le travail d'Emilien sera suivi par Gildas Le Corguillé à Roscoff et Yann Guitton à Nantes au sein du LABERCA.

Cátia Monteiro a rejoint la plateforme pour une durée de 2 mois et demi dans le cadre de sa thèse, portant sur l’adaptation à la température de Saccharina latissima effectuée en co-tutelle entre l’université de Bremen (Kai Bishoff) et l’UMPC (Jonas Collen / Erwan Corre) .

Émilien Ledant joins the ABiMS team on September 25, 2017. He will work (Biogenouest funding) for the development of the Galaxy W4M instance around tools dedicated to MS / MS data analysis. This work is carried out in close collaboration with the Corsaire BGO network  and the MetaboMer platform. The work of Emilien will be supervised by Gildas Le Corguillé in Roscoff and Yann Guitton in Nantes in the LABERCA.

Cátia Monteiro joined the platform for a period of 2 months and a half as part of her thesis on the adaptation to temperature of Saccharina latissima carried out under co-supervision between the University of Bremen (Kai Bishoff) UMPC (Jonas Collen / Erwan Corre).

Équipement : Un arrêt planifié, de nouvelles machines

Arrêt planifié 

Afin de résoudre les problèmes récurrents de performances du serveur nz, un arrêt pour maintenance  de toutes les ressources de calcul et de stockage est prévu le lundi 16/10/2017 à partir de 8h00 jusqu’au mardi 17/10/2017 en matinée.
Merci donc de ne pas lancer de calculs qui pourraient s’étendrent sur la période d'interruption.
Nous vous prions de bien vouloir nous excuser par la gène occasionnée par cet arrêt.

In order to solve the recurring performance problems of the nz server, a shutdown for maintenance of all calculation and storage resources is scheduled on Monday 16 October 2017 from 08:00 CET till Tuesday 17 October 2017 morning.
So please avoid planning or running jobs spanning the above mentioned time period.
We apologize for the inconvenience caused by this service interruption.

De nouveaux serveurs 

Financés sur crédits BioGenOuest , IdeAlg et OCEANOMICS, ils ont été ajoutés durant le premier trimestre à l’infrastructure.

• 2 nouveaux de noeuds de calculs 40 threads et 256 Go
• 1 noeuds 128 threads et 2To
• 1 serveur de virtualisation
• 1 serveur de base de données
• 1 serveur disposant de cartes GPU destiné à héberger à terme l’application EcoTaxa.

Funded by BioGenOuest, IdeAlg and OCEANOMICS credits, new servers were added during the first quarter to the infrastructure.

• 2 new nodes 40 threads and 256 GB
• 1 nodes 128 threads and 2TB
• 1 virtualization server
• 1 database server
• 1 server with GPU cards to host the EcoTaxa application.

E-infrastructure : Une liste d’outils, CONDA et de nouvelles instances galaxy

Liste des outils :

Vous retrouverez ici une liste de la plupart des outils disponibles sur notre infrastructure.

Utilisation de container et d’environnements virtuels  :

La plupart des outils ont besoin de certaines contraintes d'installations telle que des bibliothèques Python ou R dans une version spécifique, la toute dernière version de  compilateur ou simplement une version plus récente que celle installée sur le cluster (GCC> 4.4.7), ... Souvent, ces dépendances ne sont pas compatibles entre les différents outils installés sur notre système. Aussi de plus en plus d’outils sont désormais installés sur notre infrastructure en utilisant des packages CONDA ou des environnements virtuels python. Retrouvez ici le mode de lancement de ces environemments.

Galaxy :

La nouvelle instance galaxy galaxy3.sb-roscoff.fr a été mise en production . Nous vous invitons à utiliser désormais cette instance à la place de galaxy.sb-roscoff.fr qui sera au fil du temps déclassée. Par ailleurs un protocole de nettoyage automatique des données stockées sur l'instance a été mis en place , un délai de rétention de deux ans maximum a été fixé. Pour plus d'informations contactez support.abims@sb-roscoff.fr.

Galaxy4MetaB :

Une instance galaxy spécifique a l’analyse des données de metabarcoding a été mise en place. Elle intègre les outils , Qiime, mothur, FROGS, OBItools, PiCrust. Actuellement en phase de test n’hésitez toutefois pas à l’utiliser et à nous faire remonter vos remarques (support.abims@sb-roscoff.fr).

You will find here a list of most of the tools available on our infrastructure.

Using Containers and Virtual Environments:

Most tools require some system constraints such as Python or R libraries in a specific version, the latest compiler version, or just a newer version than the one installed on the cluster (GCC> 4.4.7), ... Often these dependencies are not compatible between the different tools installed on our system. More and more tools are now installed on our infrastructure using CONDA packages or virtual python environments. Find out how to launch these environments.

Galaxy:

The new galaxy instance galaxy3.sb-roscoff.fr has been put into production. We invite you to use this instance instead of galaxy.sb-roscoff.fr which will be over time stopped. In addition, a protocol for automatic cleaning of the data stored on the instance has been set up, a retention period of two years maximum has been set. For more information contact support.abims@sb-roscoff.fr.

Galaxy4MetaB:

A specific galaxy instance for the analysis of metabarcoding data has been set up. It integrates the tools, Qiime, mothur, FROGS, OBItools, PiCrust. Currently in the test phase do not hesitate to use it and send us your feedback (support.abims@sb-roscoff.fr).

Ingénierie logicielle : Projet AquaSymbio/ASQME

À l’issue du stage de Romain Dallet (M2 bioinformatique Univ. Nantes), un site compagnon d’AquaSymbio a été mis en place.  AquaSymbio Query Meta Engine (ASQME) propose d’explorer les associations symbiotiques recensées dans la base AquaSymbio à l’aide de représentations sous forme de réseaux, ou cartographiques. ASQME permet également de cibler certaines associations en utilisant divers filtres (taxonomique, noms d’espèces et rôles dans l’association, paramètres environnementaux). Cette version de préproduction disponible à http://test.sb-roscoff.fr/asqme/ utilise pour l’heure des données de la version 1 d’Aquasymbio, et son adaptation à la version 2 sera planifiée lorsque les contenus d’AquaSymbio auront été intégralement migrés en version 2.

At the end of the Romain Dallet's intership  (M2 Bioinformatics Univ. Nantes), a companion site of AquaSymbio was set up. AquaSymbio Query Meta Engine (ASQME) proposes to explore the symbiotic associations identified in the AquaSymbio database using representations in the form of networks, or cartographic. ASQME also allows to target certain associations using various filters (taxonomic, species names and roles in the association, environmental parameters). This pre-production version is available at http://test.sb-roscoff.fr/asqme/ uses data from version 1 of Aquasymbio, and its adaptation to version 2 will be planned when the contents of AquaSymbio have been fully migrated to version 2.

Analyses Bioinformatiques : Projet AquaNIS

Dans le cadre du projet AquaNIS porté par Frédérique Viard et financé par la Fondation Total, nous avons accueilli Marjorie Couton en stage de M2 (Univ. Nantes) co-encadrée par l’équipe DIVCO (T. Comtet, F. Viard) et la plateforme ABiMS (E. Corre). Durant son stage Marjorie a exploité un jeu de données de metabarcoding de méroplancton côtier afin d’une part d’évaluer la fiabilité de cette technique sur ce type d’échantillon et d’accéder à la compréhension des changements de structure (diversité, composition) de cette communauté. Ce stage a été l’opportunité d’intégrer à l’instance galaxy de metabarcoding la suite OBItools. Ce travail se prolonge actuellement par une thèse.

As part of the AquaNIS project leaded by Frédérique Viard and funded by the Total Foundation, we welcomed Marjorie Couton for here M2 course (Univ. Nantes) co-supervised by the DIVCO team (T. Comtet, F. Viard) and ABiMS platform (E. Corre). During her internship, Marjorie exploited a data set of metabarcoding of coastal meroplacton in order to evaluate the reliability of this technique on this type of sample and to gain an understanding of the changes in structure (diversity, composition) of this community. It was the opportunity to integrate the OBItools suite into the galaxy instance for metabarcoding. This work is currently being extended by a thesis.

Formation : cycle d'automne.

La plateforme vous proposera au cours du troisième trimestre 2017 un nouveau cycle de formation incluant des modules d'initiation à l'usage du cluster et à linux. Nous vous proposerons prochainement un formulaire d'inscription.

During the third quarter of 2017, the platform will offer you a new training cycle including cluster and linux initiation modules. We will propose you a registration form soon.

Démarche qualité : un nouveau cycle de certification

Après trois années de certification ISO9001:2008 la plateforme s'engage dans le cadre de son nouveau cycle de certification dans une démarche ISO9001:2015. Le nouvel audit de certification réalisé par la société LRQA est planifié les  20 et 21 Novembre.

After three years of ISO9001: 2008 certification, the platform is committed to its new ISO9001: 2015 certification cycle. The new certification audit carried out by LRQA is scheduled for 20 and 21 November.

Valorisation / CDD : Publications/ Projets/ Postes

Publications récentes

• Thomas F, Bordron P, Eveillard D, Michel G (2017) Gene expression analysis of of Zobellia galactanivorans   during the degradation of algal polysaccharides reveals both  substrate-specific and shared transcriptome-wide responses.  Frontiers in Microbiology. DOI: https://doi.org/110.3389/fmicb.2017.01808
• Lina-Juana Dolch, Guillaume Tourcier, Mariette Bedhomme, Séverine Collin, Leonardo Magneschi, Melissa Conte, Khawla Seddiki, Josselin Lupette, Erwan Corre, Dimitris Petroutsos, Laurent Fourage, Giovanni Finazzi, Fabrice Rébeillé, Juliette Jouhet, Patrick McGuinn, Eric Maréchal. Nitric oxide mediates nitrite-sensing and adaptation and triggers a remodeling of glycerolipids in Phaeodactylum . Plant Physiology. DOI: https://doi.org/10.1104/pp.17.01042. 
• Guitton Y, Tremblay-Franco M, Le Corguillé G, Martin JF, Pétéra M, Roger-Mele P, Delabrière A, Goulitquer S, Monsoor M, Duperier C, Canlet C, Servien R, Tardivel P, Caron C, Giacomoni F, Thévenot. E. 2017. Create, run, share, publish, and reference your LC-MS, FIA-MS, GC-MS, and NMR data analysis workflows with the Workflow4Metabolomics 3.0 Galaxy online infrastructure for metabolomics. Int J Biochem Cell Biol. 2017 Jul 12. pii: S1357-2725(17)30157-7. DOI: https://doi.org/110.1016/j.biocel.2017.07.002.

La liste complète des publications/communications  de la plateforme est disponible ici.

Projets en collaboration acceptés

• ANR CINNAMON : porteur : Laurence Garczarek. Analyse multi-échelle de l’adaptation à la carence en Fer chez un organisme clé du phytoplancton marin, dans un contexte de changement global.

Dépots de projets collaboratifs

• CYCLOBS : EC2CO : Nathalie Simon. Successions saisonnières cycliques du plancton en Manche Occidentale, interactions biotiques et résilience (preuve de concept pour la série temporelle SOMLIT-Astan) 
• ChemBioPE : EC2CO : Éric Battaglia (CNRS Metz). Identification rapide de biomarqueurs de réponse à une contamination par des perturbateurs endocriniens à l’aide d’une méthode chémoprotéomique. 
• Aquapod : ANR internationale : Joel Henry (Caen). Influence du vieillissement et du réchauffement climatique sur la fécondité de deux espèces de céphalopodes  
• ICCePAK : ANR internationale : Jean Yves Toulec. Impact du changement climatique sur la physiologie du krill d’Antarctique

Postes à pourvoir (Job offers)

• 18 mois CDD : Élixir Excellerate : constitution d'une base de donnée transcriptomique de référence de micro-eucaryotes marins pour les projets de métagénomique 
• 24 mois CDD : SAD /ASSEMBLE + : Inferring spatio-temporal inventories of marine microbes using curated marker databases and analysis workflows (Rosko-Tags)